以鼠损人
司马昱还在任抚军将军的时候，他坐床上的灰尘从不让人擦去，见到老鼠在上面走过的脚印，认为很好。有个参军看见老鼠白天走出来，就拿手板把老鼠打死，司马昱为此很不高兴。他的门客站起来批评劝告他说：“老鼠被打死了，尚且不能忘怀；现在又为了一只老鼠去损伤人，恐怕不行吧？”
从公于迈
司马昱任抚军将军时，一次与桓温一同上朝，二人多次互相谦让，要对方走在前面。桓温最后不得已只好在前，于是一面走一面说：“伯也执殳，为王前驱（我手里拿着殳，为王做先驱。）。”司马昱回答说：“这就是所谓的‘无小无大，从公于迈（无论大小臣子，都跟着公出游）’。”
暗室之答
一次，司马昱在暗室里坐着，召桓温进宫，桓温到了，问司马昱在哪里。司马昱回答说：“某在斯（我在这里）。”时人因此认为他有才能。
不必在远
司马昱进华林园游玩，回头对随从说：“令人心领神会的地方不一定在很远，林木蔽空，山水掩映，就自然会产生濠水、濮水上那样悠然自得的想法，觉得鸟兽禽鱼自己会来亲近人。”
一日万机
司马昱任丞相时，一件政务，事情要整年的时间才能批复下来。桓温很担心这太慢了，经常加以劝说鼓励。司马昱说：“一天有成千上万件事，哪里快得了！”
陶练之功
佛经认为摆脱烦恼、修练智慧，就可以成佛。司马昱说：“不知是否就可以达到最高的境界？虽然如此，但道家陶冶修炼的功效，还是不可以抹杀的。”
会稽王痴
名士王蒙曾请求出任东阳太守，但司马昱没有同意，后来他病重，在他临终时，司马昱哀叹说：“我要对不起仲祖（王蒙的字）了。”便下令任命他为东阳太守，王蒙说：“人们说会稽王痴心，确实痴心。”
镇静自如
司马昱曾与桓温和武陵王司马曦共坐一辆车，桓温暗中叫人在车前车后敲起鼓来，大喊大叫。仪仗队受惊混乱，司马曦神色惊惶恐惧，要求下车。桓温回看司马昱却镇定自若，满不在乎。后来桓温告诉别人说：“朝廷里仍然有这样的贤能人才。”
安石必出
谢安在东山隐居时养着歌女，司马昱说：“安石（谢安的字）一定会出山，他既会与人同乐，也就不得不与人同忧。”
一卦为限
桓温曾聚集许多名士讲解《周易》，每天解释一卦。司马昱本想去听，一听到是这样讲的就回来了，并说：“卦的内容自然是有难有易，怎么能限定每天讲一卦呢！”
湛若神君
司马昱任丞相时，与谢安一起去看望桓温。当时王珣已经先在桓温那里，桓温对王珣说：“你过去想看看相王，现在可以留在帷幔后面。”两位客人走了以后，桓温问王珣说：“相王究竟怎么样？”王珣说：“相王任丞相，自然像神灵一样清澈，您也是万民的希望，不然，仆射（谢安）怎么会自甘藏拙呢！”
会稽霞举
废帝司马奕即位后，群臣每次早朝，殿堂都还很暗，只有司马昱来了后，他气宇轩昂，才像朝霞高高升起一样。
不识其本
司马昱看见田里的稻子时不认识，问是什么草，近侍回答是稻子。他回去后，三天没有出门，说：“哪里有依靠它的末梢活命，而不识其根本的呢！”