陈独秀晚年客居距四川江津市区30多里的石墙院。他坐了蒋介石的五年牢之后，因抗战爆发而出狱。在暂住南京期间，蒋介石派陈立夫、陈果夫请他出任国民政府劳动部长，还要求陈独秀组织一个新共产党，并供给十万元经费和国民参政会五个名额，均遭陈独秀拒绝。这时，老友胡适从美国写信来力邀他去美国，说一家图书公司请
他写自传，也被他婉言谢绝了。他认为，在国难当头之际，跑到美国去写自传赚钱，拿共产党人鲜血染红的旗帜炫耀自己，那无异于亵渎和背叛。此时他先后寄居傅斯年家和陈钟凡家（陈是北大学生），靠朋友资助度日，后又拒绝了托派要他到上海的请求，乃偕夫人潘兰珍赴武汉。在武汉期间，董必武曾受中共之托探望陈独秀，争取他到延安，并提出三个条件，其中之一是要他作书面检讨，陈不同意，“我不知道过从何来，奚有悔”。“现在乱哄哄的时代，谁有过谁无过还在未定之天，不写，有什么过可悔？”他既拒绝了国民党的高官厚禄，又拒绝作检查才能前往延安，从此走向了茫然惆怅、穷困潦倒的漫长之路。1938年7月，陈独秀从武汉辗转长沙来到重庆，遇见同乡、同学邓季宣，经他又认识了江津名绅邓蟾秋、邓燮康叔侄。邓蟾秋仰慕陈独秀之名，邀请他来到江津县，经过一番波折，最后定居于清朝拔贡杨鲁丞家——石墙院。
说来凑巧。陈独秀流落重庆期间，偶尔在地摊上发现了一本杨鲁丞所着《皇清经解》抄本，很有兴趣，出钱买下。到江津定居后，一次在某馆喝茶时和邓燮康提起此书，邓告诉他，杨鲁丞就是江津人，在江津很有名望。陈独秀说：“我花了两天时间，反复看了几遍，写得不错，有价值。”邓又告诉陈独秀，当年号称经史大家的章太炎来川时，杨鲁丞曾把手稿拿去请教，章不欣赏他的作品，还批了“乱杂无章”几个字，气得杨鲁丞没完成全稿就去世了。陈独秀应邀答应为之整理，就这样住进了石墙院。此时石墙院主人是杨鲁丞后人杨明钦。陈独秀住在大院平房右侧一个小院，四间房子。陈独秀之所以同意住进远离江津、地处山坳的石墙院，除整理杨鲁丞着作外，主要是为了有个安静的落脚点，便于整理他在狱中就着手着作的《小学识字教本》。正如他入川后一首诗中所说：“除却文章无嗜好”。《小学识字教本》，从字面上看容易误解为一本粗浅的儿童识字课本，其实不然，它是拥有中西文化很高素养、特别是国学雄厚基础、博古通今的陈独秀最后一本学术力作，是总结我国几千年和他几十年来文字研究的一项重要学术成果。我国历来所谓“小学”，就是研究文字的学问。此书名为“教本”而非“课本”，一字之差，是有其用意的，这是有意为中小学教师普及国民文化教育提供教学蓝本，学术性虽高，但目的还是在于实用。此书完成后，稿件送审时，有关部门认为“小学”二字不妥，要陈独秀改书名，陈说“一字不能动”，把预支的两万元稿费退回去了。此时的陈独秀已贫困交加、生活拮据，多么需要一笔钱度日，可他硬是退还这笔稿酬，这就是陈独秀的性格。
陈独秀落脚在石墙院，生活一方面靠朋友馈赠，北大学生会是经常支持的，另方面靠卖文、卖字。他的诗、文、书法都属一流。夫人潘兰珍为生活所迫，避着陈独秀典当了首饰，连柏文蔚（陈的老友、曾任安徽都督）赠给他的皮袍子也当了。为了补贴生活，在院墙后门外空地种过土豆。陈独秀还被小偷光顾过。小偷可能以为很多名人来拜访他，一定是个富户，谁知家徒四壁，小偷偷走了衣物、《小学识字教本》手稿和印章“独秀山民”。因陈独秀始终是在国民党特务监视下度日的，当地警察很快破了案，唯文稿和友人送的印章没有追回，陈独秀非常痛心。当友人前来安慰时，陈幽默地说：“这窃贼也真风雅啊！”石墙院为三进，中间以天井隔开，这天井大约200平米，青石铺地，四周有雨槽，第三进正面是三间大屋，有左右耳房，自成小院，陈独秀就住在右侧耳房。卧室是一间10平方左右的小屋，房前留下敞开着半个“厅”，仅容一桌两凳，是陈独秀吃饭的地方，院的右侧两大间，大门有一大排隔栅，是陈独秀写作和会客的地方，小院中间有一个长方形花坛，中间有玉兰一株，为陈独秀所植。
陈独秀住在石墙院，虽远离城市，交通又不便，但前来拜访的人络绎不绝，有县长和当地名绅，还有已做了大官的学界名人傅斯年、罗家伦。至于陈的老友高语罕、邓仲纯等安徽老乡、北大同学，江津名流，就更多了。陈因坐过五年牢，到处奔波，生活不安定，此时年纪已大，心情又不好，吃饭早一顿晚一顿，热一顿冷一顿，致患有胃病、高血压、心脏病等。其间生病多由邓仲纯为他义务诊治（邓是留德医生，在重庆开了一家延年医院），其他医生也为他义务治过病，有时则利用民间草方。1942年5月23日，曾代表陈独秀参加过中共一大的包惠僧来探望陈独秀（一说来探望的不是包，而是包的夫人夏松云和张国焘夫人杨子烈），老友重逢，他非常高兴，中午吃了四季豆烧肉，引起胃病复发，潘兰珍延请好几位医生医治无效。当陈独秀生病卧床之际，中共驻重庆国民政府代表周恩来，在辛亥革命元老安徽人朱蕴山陪同下，探访了陈独秀。《成都晚报》吴塘的文章，对这次访问有详细记载：周恩来在朱蕴山陪同下，一走进石墙院，一股凄凉萧索之气向他袭来，不禁一阵心酸。走进房门，只见陈独秀手捂着胃，停坐在一张木床上……周恩来亲切地问道：“独秀先生，久违了，你好！”朱蕴山接着说：“独秀先生，恩来在百忙中，特地从重庆来看望你。”陈独秀说：“恩来、蕴山，你们好！你们来看望我陈某，不胜感激。”陈独秀费力地要支撑起来。周恩来走到床边与陈独秀握手，说：“独秀先生，你就靠着，不要起来。”陈独秀握着周恩来的手，心头一阵潮涌，不禁眼睛模糊，往事涌上心头。
周恩来此次拜访，仍继续劝说陈独秀，希望他放弃个人成见与固执，写个检查回到延安去。陈独秀说：“李大钊死了，延年死了，……除周恩来、毛泽东，党中央没有我可靠的人了，我也落后了，年纪也大了，中央开会，我怎么办呢？我这个人又不愿被人牵着鼻子走，我何必弄得大家无结果而散呢。”陈独秀还是老脾气，是直言不讳的。毛泽东始终不曾忘记过这位“五四运动时期的总司令”。他再三讲过，陈独秀对他的影响“也许超过其他任何人”。而王明、康生之流不断在延安《解放》周刊施放暗箭，造谣中伤陈独秀是日本人的走狗，每月从日本人那里拿300元津贴。
陈独秀自知将不久于人世，向跟随他多年的北大学生何之瑜交代：“我死之后，丧事从简，也不要登报。”并说：“小儿松年早已分居独立(时在一中学任职)，夫人家中无亲人可依靠，放心不下，请你务必多多关照。并要嘱夫人今后一切自主，生活务自立，我在南京狱中，朋友赠我的五个显德四年古瓷碗，留给兰珍。后事料理后，稿费如有多余，也留给她一部分……”话未说完，心脏病突发，抢救无效，与世长辞，时在1942年5月27日晚9时40分，享年63岁。当时除夫人潘兰珍、三儿陈松年夫妇、孙女长璋、长瑜、侄孙长文等亲属外，尚有包惠僧、邓仲纯、何之瑜在侧。陈独秀去世后，衣裳、棺木与墓地等均由邓蟾秋、邓燮康赞助，社会各方多有支持，捐赠和赙仪总数为33750元，支付38753.01元，超支5000元，由北大同学会拨付。
陈独秀灵柩于6月1日下午1时30分安葬于江津大西门外鼎山麓康庄，此地也是邓蟾秋捐献。出殡之日，陈独秀亲属和双后小学学生百余人随行送葬，从鹤山坪到康庄30里，两旁站立许多人送葬，有人放鞭炮以示悼念。其间发生了一个小插曲，送葬队伍正在肃穆中缓缓而行时，来了两个陌生人找到邓燮康加以盘问：“在这国难之秋，你带头为中共之父送葬，是什么意思？”邓反击道：“我不管他是啥子党，啥子派，一个爱国者客死于此，我敬仰他的人格和道德文章，身为本地士绅，不忍看他陈尸于室！”陌生人厉声质问道：“你们组织了这么多人，放鞭放炮，大张旗鼓，是不是想再来一次小小的‘五四’运动？”邓冷嘲道：“这么说来，你是害怕‘五四’运动吧？”想想看，那一刻，“五四”运动的总司令就躺在棺材里，他死了，他再也不能呐喊了。而被“五四”运动启蒙的中国竟然感觉不到他的死，没有人高喊“陈君至坚圣高的精神万岁”了。陈独秀曾无奈地说过：“我奔走社会运动，奔走革命运动，三十余年，竟未能给贪官污吏政治以致命的打击，说起来实在惭愧而又忿怒。”这正是陈独秀一生的悲剧和忧思所在。同时，江津各界人士还在国立江津九中高三礼堂举行陈独秀简朴肃穆的追悼会，参加者有安徽同乡和本校学生，没有花圈，没有鲜花，没有青松和翠柏，只有陈独秀遗像放置在礼堂主席台桌子上，两边摆着几副纸书的挽联，其中三副：
其一：
纵浪人间四十年，我知我罪两茫然；
是非已付千秋论，毁誉宁凭众口传。
其二：
伊人去兮事迹犹存，
人生功过自有评述。
其三：
言皆断制，行绝诡随。横览九州，公真健者！
谤积丘山，志吞江海。下开百劫，世负斯人！
65年过去了，陈独秀一生的是非功过应该更清楚了。
潘兰珍在友人帮助下，在重庆附近一家私人农场找到一份工作。四年以后，她又回到上海，从原籍南通老家接回寄养在友人家中的养女小凤共同生活，不幸患了子宫癌，于1949年11月去世。
1947年6月，三儿子陈松年遵父亲遗嘱将他的灵柩从江津迁回安庆，陈独秀自1913年遭通缉逃离安庆后，就再也没有回去过。1937年秋乘船去武汉途经安庆时，不知为什么他却没有顺便回故乡看看，这一直是个谜。小小的民船载着灵柩到达安庆时，社会各界名流竟显出冷漠面孔，无人去江边迎接，更谈不上举行江津那样的葬仪了。陈的棺木先暂置于安庆西门太平寺，然后才安葬在城北十里铺乡叶家冲，与原配夫人高晓岚合冢安葬。陈独秀一生娶有4位妻子，有3位生育了儿女。发妻高晓岚生长子陈延年、长女陈玉莹、次子陈乔年、次女早夭，三子陈松年；二妻高君曼生女儿陈子美，儿子陈鹤年；四妻潘兰珍生女儿陈风仙，早夭。应该说，将他与高晓岚合葬是违背陈本人意愿的。陈与高的结合基本属于包办婚姻，由父母选择和定夺，更重要的是两人的志趣、文化和思想等方面存在较大差距。他后来携妻妹高君曼（与高晓岚同父异母）离家出走，并与之同居、结婚，遭到了家庭的强烈反对和社会非议，成为别人的笑柄。1930年高氏临终前在叶家冲购置了一块墓地，并嘱咐陈松年，死后要与陈独秀葬在一起。谁也分不清这是报复还是眷恋：不求生不同屋，但求死后同穴！
陈独秀应有两个墓地，江津的陈墓原址远比安庆陈墓历史文化内涵丰富，文物价值要高。1989年江津县政府在原墓址照原样修复了陈独秀墓。可是，万万没想到的是，随后建造江津长江公路大桥南引道时，竟将陈墓推倒、铲平。可笑的是，几年后在被推平处又插了电线杆作为标记，据说是为了下一轮重建墓地，并打算立一尊陈独秀雕像。这与其说是在表达对死者的尊敬，倒不如说是在迎合剧烈变迁的时代花脸。随着全球化浪潮的汹涌而至，还会有多少有形无形的精神力量和文化底座被损毁？陈独秀墓园规划用地150亩，南北长380米，东西宽300米，第一期工程耗资120万元，如此奢华、浮躁、酸气，与死者清贫、孤寂、悲怆的一生和品性相去甚远，难道物质等级真的可以与精神境界相对称吗？一个杰出的思想者的灵魂注定得不到安宁。请看一看位于伦敦海格特公墓的马克思墓冢（也埋葬着他的家人），与其它墓冢并无特别之处，一百多年来并没有因马克思死后影响日隆而重修或扩建，一切均保持当年的原样，但并不妨碍马克思的精神高度和他的继承者来拜谒，这是对历史也是对死者最起码的尊重。
有良知的思想者最可贵的品质就是不自欺，更不欺人，陈独秀的晚年的言行，显现出一种难以逾越的精神高度。盖棺未必定论，陈独秀作为一个无法绕过的历史文化和精神符号，将会得到客观、公正的注解和阐释，成为中国政治史和精神史不可或缺的重要篇章！（文/周敏生）