巢湖传说
着名史学家郑樵（1104—1162年，今福建莆田人），学术思想主张“仲尼、司马迁会通之法”，在《通志·三皇纪》云：“厥初，先民穴居野处，圣人教之结巢，以避虫豸之害，而食草木之实，故号有巢氏，亦曰大巢氏。”郑樵注重实地考察，在《通志·氏族略》中从姓名学定义得出新的见解：“巢氏，有巢氏之后，尧时有巢父，夏商有巢国，其地在庐江，子孙以国为氏。”康熙《巢县志》沿革志进而确载：“罗泌《路史》称有巢氏。”罗泌（1131—1189年，今江西吉安人），其《路史》记述上古迄两汉事，考证精赅，保存大量的古代史料和佚闻，堪可采信。
20世纪80年代以来，随着和县猿人遗址、银山智人遗址和凌家滩遗址相继发现，巢湖流域被公认为是古人类最早的发源地之一，打破了长期以来长江和巢湖流域被认为不可能是人类发源地的历史论断。距今约30万年的和县猿人、约20万年的银山智人和5500年前凌家滩遗址，印记了人类祖先从猿人到智人，再到现代人的进化历史，展示了从旧石器到新石器时期人类创造的古代文明，包括有巢氏所开拓的原始时代由穴居进入巢居的文明时代。
凌家滩遗址自1985年被发现，经过文物考古部门的五次大规模发掘，认定遗址其年代距今5500—5300年之间，是长江下游巢湖流域迄今发现面积最大、保存最完整的新石器时代人类聚落遗址。经遥感测定，凌家滩遗址的总面积达160万平方米，发现了大型祭祀，红陶块砌成水井和建筑遗迹，以及墓葬和大量的玉器、石器和陶器，足以佐证，凌家滩遗址是已存在政、军、神三权的有巢氏聚落中心。
20世纪90年代，安徽科技出版社出版方克逸主编《巢湖》人物篇明确记载：有巢氏“因居巢得名与有巢氏发明巢居有关，而被视为巢湖人。”2006年，巢湖籍学者宁业高研究员、钱玉春副研究员，合着的《中华始祖有巢氏论纲》，通过当代考古文物考证古今文献,论证巢湖流域是有巢氏生籍地望。2007年，凌家滩遗址第五次考古发掘，发掘领队张敬国研究员从M23墓葬所出土的300余件丰富文物分析，墓主人当是聚落中心的神权领袖。在远古时代，血缘氏族是人类从原始人群转变到氏族部落的重要标志之一，其基本特征是族民对先祖充满缅怀心理和崇拜意识。据此足以佐证：凌家滩的先民就是史料所记载的有巢氏，凌家滩遗址就是有巢氏时代的聚落中心，有巢氏的生籍地望就在巢湖流域。
巴蜀传说
荆楚之地也流传着有巢氏的传说。春秋时期，晋楚交战，楚共王“登巢车以望晋军”。这里的“巢车”，是在八轮车上树立一根高竿，竿上安辘轳，然后将一个方四尺、高五尺的板屋拉上高竿，用于窥探敌军动向，如同鸟巢一样。显然，这种“巢车”与楚地盛行的巢居文化不无联系，古人先在树上巢居，尔后才有了创造巢车的灵感。汉代扬雄《荆州箴》曾有“南巢茫茫，包荆与楚”之句，这里的“南巢”即是荆楚之地，夏代末年，这里生活着一个叫南巢氏的部落，是夏的同盟部族，夏桀还曾来此避难；后来，南巢逐渐成为荆楚之地巢居民族的通称，有学者认为，有巢氏可能正是来自于荆楚之地众多的巢居民族。
再或者，有巢氏是来自于巴蜀之地的一个古老部落。宋人罗泌的《路史》有过这样一条记载：“有巢氏居于”。清人张澍在《蜀典》一书中认为，这个“巢”，不是西南夷昆明族，便是一个叫弥牟镇的地方，而弥牟镇就在今天的新都县。透过甲骨文，似乎能找到另一条线索。历史上，周人对一个叫“巢”的小国并不友好，不远千里派兵征讨，似乎有什么深仇大恨，蜀人与周人也有过节，怪不得在周王朝的青铜器上，巢、蜀连在了一起。学者谭继和认为，巢、蜀两国可能相距不远，巢国与蜀国相连，它的得名，或许源于部落巢居的传统。昆明族，弥牟镇，靠近蜀地的巢国，无不彰显着有巢氏与巴蜀之地的神秘联系。