慈禧垂帘听政的清末年，即同治、光绪之交，曾发生无数的奇情冤案，其中以杨乃武与小白菜案、名伶杨月楼冤案、太原奇案、张汶祥刺马案最为轰动，统称为清末四大奇案。而刺马案则为四大奇案之首。这四个案件，案情复杂，过程曲折，跌宕起伏，出人意料，引人入胜，至今仍为世人所相争论。
一、张汶祥刺马案
任总督
太平天国失败后，人们传言曾国藩有野心，其实他的部下早就怂恿他谋取帝位。在与太平军作战时，清廷不得不依重湘军，但是，如今太平军被“荡平”了，慈禧太后能允许曾国藩在江南坐大吗？东南卧着一只虎，她睡觉也不安心。于是她把曾国藩调离江宁，派马新贻任两江总督，迅速裁撤湘军。
被刺
江宁是湘军攻下来的，两江一直被湘军视为私地，他们在那里经营了数年，岂能轻易让给马新贻。马新贻几十年来一直没有自己的军队，孑然一身来到江宁，如入龙潭虎穴。马新贻被刺，朝廷心中明白，为了不致激起兵变，动摇清王朝的统治，赶紧调曾国藩回莅江宁坐镇。从此，两江总督宝座长期掌握在湘系手中，其他人不敢问津。
原因
太平天国失败后，湘军的劣根性充分暴露出来，他们比土匪还要凶残，明目张胆地肆疾抢掠。清末施行裁勇改兵制度以后，几万湘军士卒被裁撤，其中不乏将领。这些人并不回乡务农，而是到处游荡掳掠。有些人参加了哥老会，有些人本来就是哥老会成员。湘军裁撤扩大了黑势力，散兵游勇又与黑势力结合，成为社会的一大公害。马新贻在惩治散兵游勇时非常严厉，尤其是他任命以剽悍着称的袁保庆为营务处总管，抓到为害百姓、有非法行为的散兵游勇即就地正法。散兵游勇和黑势力对他恨之入骨。
南行日记
那个曾给孙衣言透过口风的颜士璋颇有心计，他写了一本《南行日记》，记述了赴宁的全部过程。据他的曾孙颜牧皋说，日记中写道：“刺马案与湘军有关。”“刺马案背后有大人物主使。”
说法一
张文祥刺杀马新贻，在警卫森严的督署重地一扑而中。马新贻被刺后，立即有“刺马案”戏文上演，而且正值乡试，安徽学政殷兆镛出试题，竟然寓其讥讽，乔松年也来凑热闹，写了一首歪诗作证，湘军将领给张文祥立碑等等。所有这一切都说明刺马案是一件有计划、有组织的政治谋杀事件。从案件的实施，到舆论的有力配合，以及对审案的精心策划和对结案的精明设计，都说明它出自高人之手。
说法二
刺马案发生后清廷十分惊恐，知道此案涉及封疆大臣的内幕亵闻，于脸面上无光。因此只能掩盖矛盾，粉饰门面。慈禧太后为了维系摇摇欲坠的统治，亲自出面处理此案。把正在天津处理教案的大员曾国藩调来审理案件。又在曾国藩出发前夕召见了他，面授机宜说：“马新贻办事很好”为此案定了调子。一句话，马新贻是个好官，张文祥是个发逆。大量野史、笔记、小说、戏曲，不顾官方史家曲笔，将马新贻被刺原委公诸于众。马新贻官运靠的是假报军功结纳权贵得来的。他在所谓的“剿匪”战斗中本是个败军之将。被俘以后又没骨气，与“匪首”义结金兰成了拜把兄弟。再由把兄弟导演一幕马新贻收复失地的闹剧，欺瞒了朝廷以至爬上封疆大吏的宝座。飞黄腾达以后，拜把兄弟们原以为可攀附于他，千里迢迢来投靠。马新贻奸占了兄弟妻室，又诱杀了兄弟。张文祥因偶然原因逃脱他的魔掌，才弄出这出刺马的大案来。此事轰动朝野，慈禧太后惊问：“这事岂不甚奇？”曾国藩诚惶诚恐地回答：“这事很奇。”更奇的是，案犯张文祥供词闪烁，主审大员奏案含糊，期间虽有曾国藩、郑敦谨等朝廷大员复审，却始终未得真相，1871年10月，张文祥被剖腹挖心，祭奠马灵。
二、名伶杨月楼冤案
经过
杨月楼是某京剧戏班演小生的名伶，由于演技扮相俱佳而名噪一时，时誉赞其玉立亭亭艺兼文武。同治十一~十二年期间他在上海租界着名戏园金桂园演出倾倒沪上男女，一般京调非偏爱只为贪看杨月楼。
就在同治十二年冬天杨月楼因与一商家女子的姻缘而引发了一场官司。杨月楼在金桂园连续演出表现男女之情的梵王宫等剧，一广东香山籍茶商韦姓母女共往连看三天。韦女名阿宝年方十七，对杨月楼心生爱慕。归后便自行修书细述思慕意欲订嫁婚约，连同年庚帖一并遣人交付杨月楼约其相见。杨月楼且疑且惧不敢如约，韦女遂病且日见沉重。其父长期在外地经商未在沪，其母即顺遂女意遣人告知杨月楼，令延媒妁以求婚。月楼往见遂应约，倩媒妁具婚书，行聘礼订亲并开始准备婚事，但事为韦女叔父所知，以良贱不婚之礼法坚予阻拦谓，惟退。
韦母遂密商杨月楼，仿照上海民间旧俗行抢亲，韦女叔父即与在沪香山籍乡党绅商以杨月楼拐盗罪公讼于官。于是正当其在新居行婚礼之日，县差及巡捕至，执月楼与韦女，并起获韦氏母女衣物首饰七箱据传有四千金。在将韦女解往公堂的路上，据记小车一辆危坐其中，告天地祭祖先之红衣犹未去身也。沿途随从观者如云。审案的上海知县叶廷眷恰亦为广东香山籍人，痛恶而重惩之，当堂施以严刑，敲打其杨月楼胫骨百五；女因不仅无自悔之语，反而称嫁鸡遂随鸡、决无异志而被批掌女嘴二百。二人均被押监待韦父归后再行判决。此案一出立刻传遍街衢，舆论轰动。杨月楼是红极一时，人人皆知的名优，犯了这样颇富戏剧性的风流案自然格外引人注目。同时优伶一向被视为贱民，而韦姓茶商则不仅属良家且捐有官衔，是有一定身份、家资小富的商人，杨月楼以贱民之身而娶良家之女违反了良贱不婚的通行礼法。此外韦杨婚姻有明媒正娶的正当形式，而乡党则以拐盗公讼于官县官，又以拐盗而予重惩，这种种不合常规的事情也引起人们的兴趣，因而一时众论纷纷。
结果
最后为案澄清冤屈的人是慈禧太后。不过，杨月楼案却是糊糊涂涂的了断。参与制造此案的人都未受到一点影响，照样高高兴兴当官搂钱。而杨月楼的妻子韦阿宝，亦被其父逐出家门不知下落。杨月楼忧愤改名为杨猴子，自取辱名，以表其对官场黑暗及当时戏子社会地位低下处处受欺的不满。
三、太原奇案
太原有个富人叫张百万，因嫌弃穷女婿曹文璜，将二女儿玉珠许给一家姓姚的，但他女儿玉珠喜欢小白脸不爱钱，与曹文璜私奔，准备投靠曹家故交交城县令的陈砥节。
二人出城前在一家豆腐店歇息，豆腐店莫老汉父女同情他们的遭遇而将自家毛驴借了他们。第二天，张百万找不到人就认为跑到了大女儿家，带领家人前往大女儿金珠家找人，怀疑她藏身于衣柜中，谁知道衣柜里有个和尚，他们把衣柜抬走，和尚却闷晕了。为了找台阶，张百万谎称二女儿暴病身亡，为和尚穿上嫁衣置于灵房。半夜，和尚醒了，逃走了，也到了豆腐店，在莫老汉家用嫁衣换了一身普通衣服走了，途中下半身再度兴奋，又调戏一早起的妇女，被其丈夫吴屠户杀死，尸体被扔到井里。和尚命案和张家走尸案，一下轰动全城，阳曲县令杨重民开堂公审，有多管闲事的人指认和尚所穿为莫老汉衣物，急欲结案立功的杨重民不管三七二十一认定莫老汉为凶犯，莫老汉屈打成招，案情上报刑部。
当日吴屠户杀人后，迁居晋祠，曹文璜回太原时途经吴屠户的酒店，酒后失言的吴屠户吐露了他杀害和尚的秘密。几天后，曹文璜从交城回太原还驴，知道老汉被抓为莫老汉申诉，杨重民对冤情有所察觉，但害怕暴露自己严刑逼供草菅人命，而将曹文璜冤为同谋。玉珠的丫环秀香在探监时得悉全部案情之后，一方面请求晋祠保长监视吴屠户，另一方面赶赴交城寻找玉珠。玉珠事又找刚从交城县令提升为山西提刑按察司陈砥节，赴任太原。于是，真相大白，老汉和公子哥无罪释放。
四、杨乃武与小白菜案
说法一
清末，余杭士子杨乃武应乡试中举，摆宴庆贺。房客葛小大妻毕秀姑颇有姿色，人称“小白菜”。她本是葛家童养媳，曾在杨家帮佣，与杨乃武早有情愫，碍于礼义名份，难成眷属，只得各自婚娶。余杭知县刘锡彤曾为滥收钱粮敛赃贪墨，被杨乃武联络士子上书举发，断了财路，心怀怨隙。他儿子刘子和用迷药奸污了毕秀姑，又把她丈夫葛小大毒死。刘锡彤为保住儿子性命和发泄私愤，便移花接木，把杨乃武骗至县衙，严刑逼供，以“谋夫夺妇”定拟，问成死罪。杨乃武和其胞姐杨淑英、妻子詹氏不服，屡屡上诉，历时二年，前后几十堂，皆因刘锡彤上下疏通贿赂，以致官官相护，依旧判定死罪，并详文刑部。詹氏也因上告失败而获罪被拘，幸同科举人汪士屏联合士绅上书刑部辨冤，刑部侍郎夏同善驳回详文，并请得谕旨命浙江三大宪会审。杨淑英为救弟弟，怀抱侄儿去省城探监，求秀姑据实翻供，毕秀姑深觉愧疚，当即应允。谁知浙江巡抚杨昌浚为保住自己面子和众多参审官员顶戴，依仗拥兵边疆左宗棠之势，会同藩台、臬台蓄意抗命，不准毕秀姑翻供，复以“通奸谋命”定拟，上奏。杨昌浚此举激起浙江士绅公愤，杨淑英在他们支持下，至狱中让杨乃武写冤状，冒死赴京，滚钉板告状。光绪帝生父醇亲王痛恨杨昌浚蔑视朝廷，又怕各省督抚仿效，决意替杨乃武翻案，以示警饬。正当杨乃武看透黑暗吏治，与秀姑欲以鲜血、头颅祭告天下“大清百姓盼望青天”之际，得到了醇亲王“大清有青天”的回答。出狱之日，杨乃武目击毕秀姑奉懿旨，被押解尼庵削发为尼，自己虽保住了命，却已一身伤残，几为废人，连举人功名也不准恢复，不禁黯然自问：“我这冤案是昭雪了么？大清真有青天么……一曲冤歌传百年，长伴遗恨说青天?”
说法二
（中国人民大学法学院副教授冯玉军）：
杨乃武生于道光二十一年，是浙江余杭县的乡绅，他平时里爱管闲事，喜欢抱打不平，为此还顶撞过官府，这也为以后他身陷囹圄埋下隐患，同治十二年，杨乃武考中举人。毕秀姑，也称葛毕氏，由于她相貌长得俏丽，又喜欢穿白衣绿裤，人送绰号“小白菜”。她嫁于葛品连，两人租住在杨乃武家的一间房子里，既然共同生活在一个大家庭杨乃武与小白菜过从甚密，杨乃武还经常给小白菜教书、认字，教她读经，正因为如此，街坊邻里就起了闲话，当时街坊中有“杨吃白菜”的闲话。
同治十二年十月份，杨乃武去余姚他岳母家办事，好几天没有回来，到了十月初九，豆腐店的帮工葛品连，也就是小白菜的丈夫，清晨起来忽然害了病，刚开始以为是流火疾，也就是上火，到了后来吃药不管用，病情加重了，大家就以为是杀症，就是上大火，吃了各种中药都没管用，一直到当天下午的申时，也就是我们今天的下午三点到五点的样子，葛品连全身青黑，重病死亡，一个好端端的年轻人忽然暴病死亡，家人和街坊邻里都不能理解，由此联想到平日里杨乃武与小白菜过从慎密，这时候葛品连的老母亲就把这个案子上报给了余杭县衙，余杭知县刘锡同，得到报案就带领着仵作，也就是我们今天说的法医沈祥来到葛家来看亡人，也就是葛品连，仵作沈祥拿出银针来刺入葛品连的尸体，这里头需要讲一下，在断案过程中，仵作用经皂角水清洗过的银针刺入尸体，如果该尸体是中毒身亡的，那么这根银针就可能会变黑，沈祥刺入后，银针变黑了，那么沈祥就认为这是中毒身亡。
刘锡同得到这样一个结论，法医鉴定的结论，马上就认定街坊邻里的传言属实，就将小白菜带回县衙审问，刚开始毕秀姑，也就是小白菜不承认自己有谋杀亲夫之嫌，刘锡同就用大刑伺候，严刑拷打，根据当时的史料记载，刘锡同当时动用大刑包括用烧红的铁丝刺双乳，用锡熔，滚烫的锡熔浇背，滚烫的锡熔是什么呢？就是用金属锡熔化以后滚热的锡水浇她的脊背，在如此的残酷的刑讯逼问之下，毕秀姑被迫招供，说是十月初五日，杨乃武买到了砒霜，把砒霜交给她，让她趁机毒死葛品连，以达到他们通奸居住的目的。十月初九日，葛品连有病，她就把砒霜倒如药汤中一起服下，葛品连中毒身亡。刘锡同得到毕秀姑招供如获至宝，马上传讯杨乃武，不料杨乃武来到县衙，矢口否认自己跟这个案件有任何关联，声称自己在十月初九日压根就不在余杭县，没有任何的作案时间和作案动机，刘锡同认定必须用严刑逼供的办法才能取得口供。这在清朝有一个法律上的规定，如果当事人没有口供就不得定案，于是刘锡同就向杭州府呈报了公文，请求解除杨乃武的举人出身，如果解除了他的举人出身他才能用严刑逼供拷打杨乃武，从而获得他需要的这样一个招供。可就在他呈送公文，衙役刚走掉的同时，求功心切的刘锡同于当天晚上就严刑拷打杨乃武。尽管如此，杨乃武始终不承认自己有作案的动机。也就是说始终否认了自己真实的作案。但即便如此，刘锡同仍然以杨乃武与小白菜通奸共谋害死葛品连定案之论呈送杭州府，请求二审定案。
那时刑部尚书，也就是公安部的部长或者最高法院的院长，由他亲自坐镇主审，然后九卿，就是相关的最高级别的刑讯人员坐在旁边，来彻审杨乃武、小白菜，两个犯罪嫌疑人都到了北京来进行审讯，在这次审理的过程中，有两个问题需要提出来，第一个当时提供了证词说将砒霜卖给杨乃武的艾仁堂药店的店主钱坦已经死亡，但是杨家早就提供了当日杨乃武根本不在余杭县的证词，这个证词得到采信，第二点非常关键的一点，葛品连的尸骨连尸骨带棺材也一并从余杭一直千里押解到了北京，重新打开棺木，由仵作重新鉴定葛品连是不是中毒而死，结果，这次检查发现，根据一些医生的最终认定，葛品连确属疾病而死，是病故，在所有尸骨的检测中，没有发现任何中毒身亡，就是砒霜的成分，这样最为核心的问题一旦查明，当时也在公堂上的余杭县令刘锡同和仵作沈祥供认不讳，说确实是我们当时在检测葛品连尸体的时候工作没有做细，主观认定他们有罪，所以就刑讯逼供，那么这样一个前后延续了三年多，将近四年的案子，最后定案，杨乃武、小白菜沉冤昭雪，葛品连不是中毒身亡，而是病故。
惩处官员
这个案子平反昭雪以后，那么在当时的清朝，政治环境中引起轩然大波，慈禧太后一下子连续发布旨意，惩罚余杭知县刘锡同，远发黑龙江判处流刑，余杭知县刘锡同勘验不认真，导致这起冤案的发生他是罪魁祸首，发配黑龙江。仵作沈祥以及其他相关人等30多位官员被革职、充军或查办，浙江巡抚杨昌浚、浙江学政胡瑞澜，杭州知府陈鲁一干官员100余位，革除顶戴花翎，永不续用，这个案件纷纷扬扬的杨乃武、小白菜案以一大批官员的落马而告终。广大人民拍手称快，这就是杨乃武、小白菜的真实案情。
后人评论
杨乃武是举人出身，他家也比较富裕，另外在当时的首都北京也有很多浙江籍的官员对他们的支持，那么这些都是原因，但是如果没有最终最高统治者的支持，由于官官相护，有些案子很难最终平冤昭雪。本案平反昭雪的最后实际上隐藏着深刻的、尖锐的官场权利斗争，这是我们特别要提到的。小小的杨乃武、小白菜这样的案件是普通的，但是在当时围绕着这个案件审理，浙江的一干官员，从县到府到省，全都是曾国藩所统率的湘系军阀的手下，那么也就是说根据当时的历史背景，曾国藩率领自己的湘军打败了太平天国，镇压了太平天国，那么在当时江南一代，各级的官员基本上都是湘系的军阀，他们没有多少的知识，凭着军功担任这样的职务，他们很少受过严格的审判经验的教育，也没有多少知识，因此容易造成很多冤案，而且有了冤案之间都同处湘系，官员之间相互扶持，相互的维护，那么从而使这个案子迟迟难以翻案，那么面对这种情况，实际上对于清朝的最高统治者而言，早就欲除之而后快，早就想找到一个契机来弹压湘系军阀的势力，那么杨乃武、小白菜案件的发生给慈禧太后提供了这样一个契机，找到了爱新觉罗满清皇族或者说朝廷吧，压制湘系军阀气焰的契机，那么之所以最后100多位官员顶戴花翎全部摘掉，永不续用，实际上有压制湘系军阀这么一个功能。