绍兴十年（1140年），宋军与金兵激战于顺昌、郾城等地，连获大捷。两河义军纷起响应，金兵闻风丧胆。值此良机，岳飞上书急奏高宗赵构：“此正是陛下中兴之时，乃金贼灭亡之日。”正当他拟挥师北进，恢复河朔，一雪靖康之耻之际，却在一天内接到宋廷十二道金牌，严令大军班师。随之，他本人也被召回临安，解除了兵权。岳飞的10年抗金之功，顿时毁于一旦。绍兴十一年（1141年）十月，岳飞被秦桧等诬以谋反罪身入囹圄。同年十二月二十九日，宋金绍兴和议订立不过一月，他便被赵构赐死在大理寺狱内。死讯传出，“天下闻者无不垂涕，下至三尺之童，皆怨秦桧。”秦桧是害死岳飞的元凶，是时人众口一词的结论。后来，通过小说、戏剧和长跪在西湖岳庙前秦桧夫妻铁像的宣传影响，使这个说法成了不容更改的铁案。
然而，即使在当时，也有人并不同意这种说法。岳飞死后一年，有人作悼诗云：“自古忠臣帝主疑，全忠全义不全尸。”矛头已经暗指赵构。宋亡之后，关于这桩公案的争论纷起。明人高启写诗认为：“每忆上方谁请剑？
空嗟高庙自藏弓。“文征明的《满江红》中有这样的词句：”岂不念，中原蹙；岂不惜，徽钦辱。但徽钦既返，此身何属。千古休夸南渡错，当时自怕中原复。笑区区一桧亦何能，逢其欲“。明确地指出高宗赵构才是杀害岳飞的元凶，秦桧只是帮凶而已。此说一出，得到了许多人的赞同。
秦桧是金人的奸细，自然与抗金事业势不两立。岳飞在抗金的民族斗争中作战最力，是金人的心腹之患。秦桧秉承主子的旨意，要害死岳飞是可以理解的。令人费解的是赵构为什么要害死自己倚为军事支柱的岳飞呢？而且宋太祖赵匡胤曾传下秘密誓约，规定：“不得杀士大夫及上书言事人”，“子孙有逾此誓者，天必殛之”。这条誓约在北宋历朝，执行得非常严格，赵构何以敢违约破例？这在主张赵构是杀害岳飞元凶的学者中存在着分歧。
一说认为“帝之忌兄，而不欲其归”。高宗看到岳飞一心要“迎二圣”，而徽、钦两帝回来，自己就当不成皇帝了。他害怕中原光复，因而杀了岳飞。另一说则认为“迎二圣”并不是高宗要杀岳飞的原因。赵构杀岳飞，主要原因是怕他久握重兵，跋扈难制。对武将的猜忌和防范，是赵宋王朝恪守不渝的家规。只要武将功大、官高而权重，就意味着对皇权构成威胁。
岳飞个性强，“忠愤激烈，议论不挫于人”，不容易和人合作。绍兴七年（1137年），他上书奏请高宗建储：“乞皇子出阁，以定民心。”同年，他又因守母丧，未经高宗批准便自行解职，把兵权交给张宪。这两件事犯了高宗的大忌。加之高宗有过在金营作人质，从扬州南渡等惊险经历，对金兵始终心存恐惧。他对战争前景有两怕：一怕全胜，二怕大败。胜则怕武将兵多、功高而权重，败则怕欲为临安布衣而不能。因此一心求和，想当个安安稳稳的太平皇帝。所以，秦桧利用岳飞部下的告讦来证明岳飞的跋扈。正好迎合了赵构害怕岳飞立盖世之功，挟震主之威的心理，加上岳飞又是反对和议最力的主战派，故而下令杀了岳飞。值得注意的是，有位台湾学者经过对《宋史》、《建炎以来系年要录》、《三朝北盟会编》、《大金国志》等史籍的考证研究，提出了一种新说法，认为岳飞的死是由于高宗思母所致。原来高宗的生母韦氏太后，是徽宗的贤妃，在靖康二年（1127年）四月初一，与徽、钦二帝同被金人俘执北去。赵构南渡初安，特别思念生母。尤其是其子赵专死后，更感到自己虽有天下，但无父（徽宗死于绍兴五年）无子，处境悲凉。因此曾说：金人若将韦太后送回，“余皆非所问也”。绍兴八年（1138年），他又伤心地表示：“太后春秋已高，朕朝夕思念，欲早相见，故不惮屈已，以冀和议之成者，此也。”
秦桧知道金人的和谈决策后，便利用赵构思母的心理，请求金人以放回韦太后为条件，于绍兴十年（1141年）十二月二十一日达成和议。此时，高宗又对秦桧表示：“然朕有天下，而养不及亲，徽宗既无及矣，太后年逾六十，日夜痛心！今虽与之立誓，当奏告天地宗庙社稷明言若归我太后，朕不惮屈己与之和，如其不然，则此要盟，神固不听，朕亦不惮用兵也。”但是金人怎会轻易释回韦太后？他们利用高宗思母心切，又以“释母”必先杀掉岳飞来要挟。因此，赵构为一己私利，竟然下毒手害死了岳飞。（李安《宋高宗“赐岳飞死于大理寺”考注——岳武穆真正死因》。原载《中国宪政》第3 卷9 期，见台湾中华丛书编审委员会印刷的《宋史研究集》第4 辑）
如果真像这位台湾学者说的，为一老媪竟使岳飞这智勇冠世的一代名将遭之横死，岂不惜哉！