16世纪初，沙皇俄国逐渐向外扩张。早在明朝末年，俄国就在西伯利亚东部的勒拿河流域建立了一个叫雅库茨克的城池，这实际上是俄国南下侵略中国的主要基地。
明朝崇祯末年，雅库茨克长官戈洛文派人率兵一百多人南侵，越过外兴安岭，侵入中国领土。这些侵略者到达精奇里江中游达斡尔族人的居住地后，四处抢掠，杀害达斡尔族人，甚至灭绝人性地煮来吃，被当地人称为“吃人恶魔”。第二年夏天，这伙人又闯入中国黑龙江流域，沿途遭到中国各族人民的抗击。
黑龙江流域自古以来都是中国的领土，更是清朝祖先的发源地。清朝建立后，也对这些地方进行了管理。设置盛京将军、宁古塔将军和黑龙江将军，对当地人民进行管辖。
17世纪上半叶，俄国由于国力迅速增强，急剧向外扩张。顺治末年至康熙初年，清廷忙于国家统一和平定“三藩”之乱，俄国趁这个机会，侵占了中国领土尼布楚和雅克萨等地，并在那里修碉堡，设置工事，不断对黑龙江中下游地区进行骚扰和掠夺。康熙皇帝多次跟俄国进行沟通，都没有作用。先礼后兵，这一贯是康熙的作风，在好言相劝不起作用的情况下，康熙决定给俄国一点颜色看看。
康熙皇帝不愧是一代杰出的帝王，他没有马上去跟俄国当面较量，而是先派人去摸清情况。在平定“三藩”之乱后的第二年（1682年），康熙派人奔赴关东巡查，了解黑龙江流域的情况。接着制定了几个措施：一是加强侦察和封锁。康熙皇帝命令郎坦、彭春和萨布素，率兵百余名，以捕鹿做掩护，渡过黑龙江，暗中侦察雅克萨的地形和敌情；又派当地少数民族首领随时监视敌情变化。二是命令萨布素率部在黑龙江瑷珲修建城池，永远驻守，在那里进行农业生产。三是在瑷珲至吉林途中设驿站共十九个。四是加紧造船，以保证军粮可由松花江、黑龙江及时运到前线。
1683年，清军派人命令雅克萨等地的俄国侵略军迅速撤离，遭到拒绝后，萨布素将黑龙江下游沙俄侵略军建立的据点全部焚毁，从此雅克萨成为一座孤城。
在驱赶俄国侵略军的过程中，由林兴珠率领的藤牌兵起了重要作用。藤牌兵原本是郑成功训练的一支特殊军队，士兵左手持盾牌，右手持快刀，行动敏捷。作战时用盾掩护身体，飞快地滚到敌人跟前，专砍敌军的人腿、马脚，出其不意，以快制胜。清政府收复台湾后，也组建了一支藤牌兵。
康熙二十二年（1683年）四月，清军约三千人在彭春统率下，携带战舰、火炮和刀矛、盾牌等，分水陆两路向雅克萨开进，抵达雅克萨城下后向侵略军头目托尔布津发出通牒。托尔布津自以为巢穴坚固，士兵四百五十人，大炮三门，鸟枪三百支，所以拒绝投降。在这种情况下，清军发炮轰击，侵略军伤亡惨重。托尔布津战败投降，俄国侵略军撤退到尼布楚。清军赶走侵略军后，毁掉雅克萨城，班师回朝。
然而，俄国侵略军不甘心失败，在得到休整和支援后，托尔布津再次侵犯尼布楚。对俄国这种背信弃义的行为，康熙皇帝十分恼怒。康熙二十三年（1684年），康熙下令再次反击。清军在雅克萨城的南、北、东三面深挖战壕围困俄国侵略军，侵略军被围困，由最初的八百多人到最后只剩下六十多人。无奈，俄国只得跟清朝议和。1689年，双方签订《尼布楚条约》，条约明确划分了中俄两国东西边界，从法律上确立黑龙江和乌苏里江流域包括库页岛在内的广大地区属于中国领土，清朝同意把贝加尔湖以东原属中国的尼布楚土地让给俄国。
雅克萨之战，清军取得最终的胜利，而《尼布楚条约》是中国近代签订的第一个平等条约。