据说桓玄出生时，有光照亮房间，占卜者都感到奇异，故得桓玄小名灵宝。
《异苑》则记载说桓玄出生时光芒满室，有个善于占卜的人说：“此儿生有奇耀，宜目为天人。”并取名为“神灵宝”。桓温嫌他取的名字有三字，便减去“神”一字，名曰“灵宝”。
史学家周一良认为，桓玄的名字有“道”、“灵宝”等字眼，是桓氏其信奉天师道的标志。
忿而杀鹅
桓玄小时，与一众堂兄弟斗鹅，但桓玄的鹅总是不及堂兄弟强，十分不忿。于是有一晚到鹅栏杀死了堂兄弟们的鹅。天亮后家人都惊骇不已，以为发生了怪事，向桓冲报告。桓冲心知是桓玄作的，一问，果然如此。
地不能载
桓玄称帝后入宫，坐上床上，突然床破烂了，众人见此皆失色，殷仲文奉承说：“陛下您圣德深厚，大地也不能承受了。”这话令桓玄十分高兴。
下笔成章
桓玄擅写文章，可从其事迹中看到。王恭死后，桓玄曾登江陵城南楼，说：“我现在想为王孝伯作悼词。”吟啸良久后就下笔，很快就写好了。
桓玄消灭殷仲堪、杨佺期后，荆州刺史府、江州刺史府、后将军府、七州都督府、南郡公府皆来贺，五个版牍一同进入，桓玄见版至使即答，皆美而成章，并不揉杂。
喜好装饰
桓玄喜好装饰和书画，在击败司马元显后，桓玄迁镇姑孰，就大筑城内官府，建筑物和假山水池等都十分壮丽。另又曾以轻舟载着他的书画、服饰和玩物，有人因而劝谏他，桓玄竟说这些东西应该随身，而且称当时兵凶战危，若发生问题就可以很快运走。众人听后都笑他。
不设寒具
桓玄喜欢收藏书画，也特别珍惜书画。每当有客人来访时，他就出示自己收藏的书画给他们炫耀。有客人吃了桓玄招待他们的寒具后，没洗手就触摸这些书画，使书画沾了油汁。桓玄很不高兴，此后会客再也不设寒具。后人遂以“桓玄寒具油”的典故代指观赏书画。
好为己功
桓玄因刘裕讨伐而西走江陵时，就于道上作《起居注》，内容都是他抵抗刘裕义军的事，自称自己指挥各军，算无遗策，只因诸将违反其节度才兵败，是非战之罪。由于桓玄专心写《起居注》，所以都没闲暇时间和群下商议对策。写成后桓玄就将《起居注》宣示远近。
尊不及祖
桓玄尊崇其父桓温，故在篡位称帝后就追尊桓温为“宣武皇帝”，太庙都只供奉他，却没有追尊祖父桓彝或以上的祖宗。
故及至桓玄遭受刘裕义军来势汹汹的进攻时，曹靖之称其令晋室神主流离飘泊以及追尊不及祖父触怒神明，令桓玄很是恐惧忿怨。
史学家田余庆考证认为，桓玄的祖上很可能就是三国时被司马懿诛三族的桓范，其漏网之子孙桓楷、桓颢等到风头过后，才出仕晋朝，“桓玄代晋之后，亦不愿揭示桓氏家族历史的真象，仍然讳莫如深”，所以才尊不及祖。
王朝谶言
据说，元兴年间衡阳有母鸡变成雄鸡，八十日后鸡冠却萎缩了。后来桓玄建立楚国，衡阳郡亦在十郡以内，而自桓玄即位至败走建康，也大约是八十日。当时亦有童谣：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”郎君即司马元显，司马元显于元兴元年（402年）被杀，桓氏则于元兴三年（404年）因桓玄败死而遭诛杀。