明帝一看朝廷军胜券在握，迅速“变脸”，扔掉和蔼可亲的面具，露出真实的面目——冷如冰霜、杀气腾腾。一个月前，他在诏书中言之凿凿称，只杀钱凤。此时，他宣布：王敦所有的党羽都不放过，一网打尽。
东晋显赫的王氏大族受到重创，开始从顶峰走下坡路，浪花淘尽了曾经的辉煌，一去不返。来看看几个重要人物的下场。
王含父子被亲人杀死
王含、王应父子愁容相对，往哪里逃呢？
当时王家的地方大员有荆州刺史王舒、江州刺史王彬。王含主张投靠王舒，王应则劝王含投靠王彬。
王含很疑惑，问：王敦活着的时候，王彬就一直反对他，几次当面顶撞，还差点被杀，我们去不是送死吗？
王应说：这正是我们投奔王彬的原因。王敦权倾天下，王彬敢和他作对，说明他能顶住压力，不会向其他人屈服。现在我们落难了，他一定会同情我们，也不会屈服朝廷的压力。而王舒一向遵从法度，现在肯定心向朝廷，不会帮我们的。
王含不听，带王应逃往荆州。王舒听到消息后，派人把他们推入江中，当场淹死，首级送往建康。王彬也听说他们要来，暗中准备了船只迎接。知道他们被杀后，无比遗憾。
王敦尸体被拉出来斩首
钱凤跑到庐州，投奔以前的好朋友周光。周光挥刀把他杀死，得到了五千户的奖励。
沈充奔回老家吴兴，慌不择路，到处绕道，竟迷了路，跑到了原来的旧将吴儒的家中。吴儒脸上笑眯眯的，对他相当客气。一直带他到里面的房间，开心地说：今天我要得三千户侯了。
沈充才知道上当，流着泪说：你如果讲义气救了我，我一定厚报；你如果为了利杀我，你将来一定会被灭族。
吴儒不听，杀死沈充，尸首送到建康。
沈充有个儿子叫沈劲，也被通缉，被同乡藏了起来，死里逃生。沈劲长大后，为报父仇，灭了吴儒一族。
沈劲为父亲谋反深感耻辱，一生总想洗刷污名。后来与北方鲜卑人作战中被俘，坚决不降，壮烈被杀。他在《晋史》中被列入《忠义传》。
对王敦，司马绍恨之入骨，命令人扒开了他的坟墓。把王敦的衣冠全部烧毁，尸体拉出来，让他跪在地上，斩首示众。然后把王敦和沈充的头颅悬挂在朱雀桥南。
郗鉴对司马绍上书说：过去朝廷对王莽、董卓这些逆贼，都允许家族私下埋葬。我认为还是允许王家收尸。
司马绍听从了他的建议，听任王家把王敦尸首重新埋葬。钱凤的母亲已经80岁，也免于处罚。
王家地方大员被调整
该死的都死了，司马绍接着收拾活着的人。
第一是王舒，因为杀了王含、王应，属于功臣。但终究是王家的人，而且又在荆州，司马绍当然不放心。他想了一个办法，就是把军区大调整。
陶侃原任广州刺史，明帝调他任荆州刺史，征西大将军、都督荆州、湘州、雍州、梁州四州诸军事，准备让王舒任广州刺史，发配到南方去。
王舒心里不爽，和朝廷讨价还价，说自己有病，不肯上任。经王导周旋，改任王舒为都督湘州诸军事、湘州刺史，而让原来的湘州刺史刘顗去了广州。
从此王舒再无大的作为。
第二是王彬。王彬反王敦天下皆知，所以也不能杀他。但在江州也让人不放心，于是征召王彬到建康，任他为没有实权的光禄勋，又转为度支尚书，一个管后勤、出力不讨好的职务。任命亲信应詹为平南将军、江州刺史，都督江州诸军事。
其他王家的人基本都被拿了下来。
最后一个人是王导，由于他立场坚定，作为投诚早的先进代表，不仅没有受罚，还加官晋爵。明帝封王导始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹，进位太保。又加以剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名的特殊礼遇，地位已和当年曹操相似。
王导知道王家处于风口浪尖，全部推辞不接受。
其他的人都论功行赏。丹阳尹温峤、尚书卞壸，中书监庾亮、奋武将军苏峻等都被封公。尚书令郗鉴、护军将军应詹等人封侯。
司马绍在王导劝说下“收手”
此时，发生了一个有趣的故事。
一次，司马绍召见王导和温峤，问：你们认为西晋兴亡原因是什么？
温峤还没有回答。王导说：温峤年龄小还不清楚，我给陛下说说。
王导详细叙述了一长串故事，内容是司马懿创业之初，是如何诛杀名族、拉帮结派的；司马昭的末年，如何诛杀曹氏贵族的。
晋明帝听得冷汗直冒，非常吃惊，说：如果真像你说的，国家怎么能长久呢？
王导知道温峤一心为国，只会说西晋亡的真实原因：那就是空谈误国、诸王争权等。
所以王导赶紧抢在前头，抓住了这次机会。他的这一番话是有深意的，那就是：西晋为什么灭亡，是因为创立者大开杀戒留下的祸根。
实际就是暗示司马绍对王敦党羽还是放过一马吧，如果杀的人太多，国家不稳定啊。司马绍从此“收手”，全国血雨腥风的大追捕才告一段落。
后来有人上书，要杀王彬等人，遭到司马绍拒绝。
晋明帝是个英明的皇帝，他在位时，能明辨是非，虚心纳谏；反对清谈，重用实干家；不许官员扰乱百姓，鼓励农业生产；削减公务员队伍，严格对官员的考核等等。
全国呈现出东晋以来少有的欣欣向荣景象，然而昙花一现，如流星划过夜空。到了325年，也就是平定王敦之乱才过了一年，明帝就去世了，只活了27岁。5岁的太子司马衍继位，为晋成帝。