《汉宫秋》被公认是元杂剧中的优秀作品之一，作者马致远是王实甫、白朴之外又一以文采见长的作家。
《汉宫秋》以汉元帝竟宁年间，匈奴呼韩单于来朝，请求和亲，昭君自愿出塞，以增强汉、匈民族团结的故事为题材。对于这部杂剧，它的主题思想是要表现什么，历来众说纷纭。
一种观点认为，由于马致远幼年时正值金国覆亡，饱经兵乱，因而在他的思想中国破家亡的感慨十分深刻，他把故事改为汉元帝时国势衰弱、奸臣毛延寿因求贿不遂，丑化王昭君的画像，事发叛国，勾引匈奴兵犯境，满朝文武束手无策，昭君被迫出塞和番，行至汉匈交界的黑江，投江自杀。作品暗示读者，一个招权纳贿的权奸，一旦罪恶败露，就有可能投敌叛国；而一个真正热爱祖国的志士，在面临国家民族的危难时，应挺身而出，不惜牺牲自己的生命。从这个思想内容来看，《汉宫秋》杂剧的产生和流传，是元灭金、灭宋的历史转折时期统治集团内部矛盾与民族矛盾在戏曲舞台上的集中反映。
一种观点认为，《汉宫秋》主要是写汉元帝与王昭君的爱情故事，作者对汉元帝因沉湎于儿女私情而失政误国，以致酿成国家和个人的悲剧，是有所批判的，然而更多的是对其深挚的爱情寄予同情，悲其所悲，痛其所痛，写得极为细腻真切生动传神，有对昭君容貌、体态和性情等的由衷赞美，有他们和谐美满的爱情生活的深深陶醉，有对爱人深情眷恋，对爱情忠贞不渝的真诚表白。在描写汉元帝与王昭君生离死别之际的行状及其心理，也极富艺术感染力。灞陵桥边，旌旗悠扬，鼓角悲壮，昭君随着匈奴人马渐走渐远，终于消失于风雪弥漫的旷野深处。此时，汉元帝仍仁立凝望，心己随之而去，身后的仪仗在等待，大臣在催促，他全然不顾。他惨然唱道：“呀，不思量除是铁心肠、铁心肠也愁泪滴千行，美人图今夜挂昭阳，我那里供养，便是我高烧银烛照红妆。”写出了汉元帝如丝如缕缭绕深长的情怀。有学者指出，王昭君出塞后几个月的那年夏天，也就是竟宁元年五月，汉元帝驾崩，可惜这点线索尚没有引起马致远的重视，倘若写出汉元帝思念成疾，遽尔升遐，昭君又在黑江自尽，有情人终在天上结为神仙美眷，岂不为中国古典爱情更添浪漫？
另有一种观点认为，《汉宫秋》着力写的是一个奇女子的故事。王昭君受奸人陷害，加上匈奴犯境的强大压力，不得不以一弱女子纤手擎天，牺牲个人以保国家，这是一个以一己之力独蹈家国之痛的奇女子形象！在汉元帝与王昭君的欢情上，《汉宫秋》的笔墨是简略的，一共只有元帝夜巡初遇昭君和退朝看望昭君两个场面，而且都是静态的，着力于描写皇帝欣赏王昭君的文静端庄。而对王昭君敢于挺身而出，为家国之痛而毅然出行，则大抒笔墨，在这一点上，《汉宫秋》的主题思想是积极的。
还有一种观点认为，元杂剧《汉宫秋》同样也反映出了作者思想认识上的局限性和消极性。例如，王昭君出关后，《汉书》、《后汉书》记载她，嫁于呼韩邪单于，号宁胡阏氏，生一男伊屠智牙师，呼韩邪死后，其子复株累单于复妻王昭君，生二女，其长女须卜居次在王莽当政时曾入侍太后，后来王莽失败，受株连死，昭君本人，则不见记载。可是《汉宫秋》说王昭君来到番汉交界处的黑江投河自尽，这可能与古人“烈女不事二夫”的观点有关，由于民间传说她与汉元帝有一段深挚的爱情，所以出塞和亲，再嫁单于，自然不够贞烈，所以传说中她或是强忍悲欢，在胡地默默苟且偷生，或哀怨愁闷，抑郁而终。到了宋代，由于理学家持重贞节，王昭君的自杀全节几乎成了必然的结局。马致远在写作《汉宫秋》时显然也受到这种观点的影响，另外由于马致远在写作《汉官秋》时掺入了自己对民族矛盾的许多感慨，他不可能理解历史上王昭君出塞和亲的积极意义，对汉元帝也过于同情和美化，全剧感伤情调较浓，这都决定于作者的历史、阶级和思想上的局限。