孙恩、卢循起义，是东晋末年在南方爆发的一场规模较大的农民起义。这场起义沉重地打击了魏晋以来日渐腐朽的世家大族的势力，为南朝较有作为的寒门地主登上历史舞台扫清了道路，因而在魏晋南北朝史上颇为引人注目。与中国古代历次农民起义相比，孙恩、卢循起义的一个显着特点是他们的活动总是局限在长江沿岸与南方沿海地带，几乎到了离不开水的地步。人们不禁要问，孙恩、卢循起义军为什么喜欢在水面上活动？难道他们是海盗吗？
从历史记载来看，孙恩、卢循起义军最早与水结下不解之缘，当与他们所崇奉的宗教——五斗米道有关。五斗米道又称天师道，东汉末年以来曾多次被人用来号召、组织农民起义，而流传于东南沿海的五斗米道则与水有特别密切的关系。相传东晋末年南方五斗米道的首领是钱塘人杜子恭，他特别精于利用水中的鱼给千百里外的信徒远距离传递物品之类的法术，孙恩的叔父孙泰就是杜子恭的弟子，并在他死后继承了老师的衣钵，成为本地五斗米道的教主。东晋隆安二年（398年），孙泰聚集起数千名信徒准备乘乱起兵，不料事泄被东晋朝廷诱捕斩首，他的六个儿子也同时被杀，只有孙恩带领百余人侥幸逃到海岛上。孙泰死后，信徒们纷纷传说他是“蝉蜕登仙”了，把他的侄子孙恩当作他在人世间的代表。而孙恩也自称“征东将军”，并把他手下的人马都称作“长生人”，显然是继承了他叔父以前在五斗米道中教主的位置。在日后的起义中，孙恩、卢循及其部下一直对水怀有特殊的感情。
如他们喜欢把死者投入水中水葬，并且念“贺汝先登仙堂，我寻后就汝”（祝贺你先去了仙境，我过一会就跟你去）的祷语。孙恩在战败以后，选择的死亡方式就是投水，而部下及信徒们却称之为“水仙”，一时间百余人随同孙恩投水自尽。卢循也是在战败以后投水自杀的。可见在他们的教义之中，死于水中只是完成了“登仙堂”（成仙人）的过程，因而在水面上作战时，往往能够不惧死亡，奋勇争先。也正是出于这一宗教原因，孙恩、卢循在起义过程中总是偏爱在沿江沿海地区多水面的地理条件下作战。
不少人对宗教在农民起义中是否真的能够发挥如此重大的影响表示怀疑，认为孙恩、卢循起义的根据地长期以来一直设在东南沿海的海岛上，由此决定了起义军的活动只能以战舰往来于江海水面为主。早在孙泰被东晋王朝杀害之初，孙恩确实是因为走投无路才逃到海岛上的，但他们在岛上不仅休养了生息，而且得到了五斗米道信徒的“资给”接济，并借机于东晋隆安三年（399年）渡海登陆，旬日之间聚集起数10万人的大军，横扫东南。从此，起义军采取的策略便是立足海岛，伺机渡海进攻。历史上他们曾经三进三出海岛，其中一次竟有20万人同时入海，可以推测平时如果没有适当的后勤准备是不可能轻易做到这一点的。而从史书记载来看，孙恩、卢循每次战事遇到挫折退入海中，东晋王朝的官兵大都停止追击，而在沿海要冲设防，力图堵截住起义军再次渡海攻击内陆。因此，退保海岛的战略在某种程度上确实起到了保护起义军主力的作用。然而，海岛狭小、贫瘠的土地毕竟难以承受过多人口的压力，孙恩、卢循起义军也正是在这一因素的驱使之下不断地渡海再沿江沿河深入内地，以补充人力、物力的不足，并试图推翻东晋王朝的统治。
也许是由于孙恩、卢循起义军从一开始就频繁地往来于江海水面之上的缘故，孙恩、卢循及其部下一直长于水战而弱于陆战，这也是他们始终不敢过多地远离水面登岸上陆的原因之一。在现存的各种关于孙恩、卢循起义军的资料中，对于水战的记载明显多于陆战的记载，即便是陆战也常常有起义军的舰船以弓矢支援、掩护陆军等情况发生。孙恩在其力量达到极盛的时候，能够同时调集起“战士十余万，楼船千余艘”，溯江而上，直逼东晋都城建康。即使在孙恩战败自杀以后，由卢循率领的起义军残部仍能千里迢迢“浮海”攻占广州城，并招兵买马，分两路浮江东进，击败由刘毅率领的2万东晋水军主力，恢复到战舰千余、兵士10万的旧观。反观其对手东晋王朝的军队，则一直避免与起义军在水上决战，而是想方设法筑栅拦水，或在关键要塞依水设置堡垒，逼孙恩、卢循的军队上岸作战。好几次起义军兵逼建康，只是因为高大的楼船逆风逆水行驶困难，加上风雨交加，给养不济或者疫病流行，才不得不主动停止了进攻。总之，东晋军队只有在陆上才能稍占上风，而孙恩、卢循率领的起义军也一直在水上占有优势。这场起义的最终失败，是由于东晋军队偷袭了已经失去了海上根据地的起义军的后方，使登岸进攻建康屡遭挫折而又疲惫不堪的卢循大军“无所归投”，仓惶之中匆忙后撤南下，结果进入东晋军主力的包围圈，被彻底击败的。从中人们不难理解到，坚持水面作战对孙恩、卢循的起义军来说是以己之长克敌之短，因而要竭力避免陆上作战。
孙恩、卢循起义军尽管总是在江海水面上活动，但他们前后的行动目的都是为了推翻东晋王朝，占领其首都建康。因此，他们与那种单纯以江海水面为掩护而杀人越货的海盗有本质的区别，不能简单地因为历史记载中称之为“海贼”而断定他们是海盗。但问题是他们的水上活动究竟与五斗米道有关吗？