顺治二年（1645年）阴历四月二十五日，清兵攻破扬州，屠城十日，无数百姓及守城将士惨遭杀害，而督师史可法的结局又如何呢？
对于史可法的下落，当时人洪承畴也无法断定，他曾问别人，史可法“果死耶？抑未死那？”（《鲒琦亭集》）此后的一些史书和传说更是各抒其见，说法不一。
有的说史可法缒城出走。计六奇据《甲乙史》，在《明季南略》里较详细地记载了这方面的情况：阴历四月二十五日，“大清兵诈称黄蜚兵到”，史可法乃准蜚兵一千从西门入城，“及进，而反戈击杀。可法立城上见之，即拔剑自刎，左右持救，乃同总兵刘肇基缒城潜去。”谈迁亦持此说。也有
云扬州城陷后，史可法“过钞关”、“走安庆”（《石匮书后集》）。乾隆《江都志》则载扬州故老言，谓当城破时，史可法“跨白骡出南门”。许旭在山东进而赋得《梅花岭》诗，云：“相公（即史可法）誓死犹饮泣，百二十骑城头立。瞬息城摧铁骑奔，青骡一去无踪迹”。（《汗青录》）也有人认为，清兵破扬州时，史可法“不知所在”（《圣安本纪》）。计六奇于顺治六年（1649年）外出，途中乘船遇一嘉兴人，此人当年从扬州抗清之役中逃出，他说城破时，史可法不知所终。
一些清代官修史书则记载史可法是被俘不屈而死的。《清实录》记道“攻克扬州城，获其阁部史可法，斩于军前。”《明史》云城破时，可法自刎未果，被部将拥至小东门而执，“可法大呼曰：”我史督师也‘！遂杀之。“其它如《雪交亭正气录》、《史外》等野史也都有大同小异之记载，持此说者认为，官修史书和野史稗乘的记载是史可法殉难于扬州之役的旁证，他们还用其它理由证明了这一史实。其理由是：一、史可法在四月二十日左右写下的五封遗书和给其母亲、夫人的遗笔中，就已抱定“一死以报国家”之决心，而且他后来的实际行动也证明了他与城共存亡之信念。
二、刘肇基是史可法部下的一员战将，在扬州告急时，独他率部来援，中流矢而死。刘与所谓“缒城潜去”根本风马牛不相及。
三、不但是明清以来的一些正史、野史明确记载史可法死于乙酉扬州之役，而且当事人和目击者也是这样记述的。例如参加这次战争的史德威，是史可法的嗣子，又曾和史可法一起被俘，因此，他所着的《维扬殉节纪略》，可以说是关于史可法下落的第一手史料。该书云，扬州城陷时，史可法自刎未遂被执，多锋“相待如宾，口呼先生”，并诱以“为我收拾江南，当不惜重任也”。面对多择的劝降，史可法斥之曰：“我为天朝重臣，岂肯苟且偷生，作万世罪人哉！我头可断，身不可屈……城亡与亡，我意已决，即劈尸万段，甘之如饴”，遂遭杀害。原史可法的幕下杨遇着及清军将领安珠护皆曾亲眼目睹史可法被杀支解之情形。其它如《自靖录》、《池北偶谈》和《青磷屑》等也不是记述史可法被执而死，就是赞同史可法没于扬州之役。
四、出现“缒城潜去”、“不知所终”说的原因，主要是以下几点，首先是疑其为伪。当史可法被执时，一时不知真假，经向史德威和杨遇蕃查询才得以证实。其次是尸骨无着。因史可法是“尸裂而死”（《乙酉扬州城守记略》），当时扬州尸积如山，又天气炎热，众尸蒸变，因而无法辨认。到1646年清明后一日，史德威才举史可法的衣冠袍笏等遗物葬于梅花岭旁。最后是不愿其死的情绪。由于人们希冀史可法能幸免于难，“大江南北，遂谓忠烈未死”，所以，后来盐城、庐州等地百姓“托忠烈之名”，树旗抗清，“仿佛陈涉之称项燕”（《鲒琦亭集》）。
陈了上述被俘不屈而死说外，还有战死说、沉江说等。据张岱《石匮书后集》记载：史可法自杀未遂后，与部将逸于离城数里的宝城寺，“清兵迹之，急决战，不胜，一时尽败没”。赴水沉江说则曰，当城破时，史可法出城，渡河因马蹶溺死，或云，出东门遇清兵，赴水死。康熙年间，孔尚任所着《桃花扇》则把史可法写成投江而死，于是，“沉江”说便广为流传了。