东渡日本，是黄宗羲生平行事中一段不可忽略的经历。然而，由于黄宗羲在其传世的着述中，对其东渡日本的缘由鲜有涉及，因此引起后人争议，迄今仍悬而未决。
雍、乾间学者，黄宗羲的学术传人全祖望最早提出黄宗羲东渡日本“乞师说”。南明鲁监国政权临近覆亡之时，曾数次遣使日本，乞师求援，全祖望认为黄氏参与其中一次“乞师”之行：“是年（顺治六年），监国由健逃至翁洲，复召公（黄宗羲）副冯公京第乞师日本，抵长崎，不得请，公为赋《式微》之章以感将士”。（《鲒埼亭集》卷十一《梨洲先生神道碑文》）
近世学者梁启超则持“避仇说”。梁氏考订黄宗羲东渡日本的时间在顺治元年。这一年，南明弘光政权在南京建立，阮大铖重新得势，便重修旧怨，大肆报复复社人士发布《南都防乱公揭》事。由于黄氏在《公揭》上名列第二，所以必然要遭阮之迫害。这就出现“避仇”日本之举（见《饮冰室文集》之四十《黄梨洲朱舜水乞师日本辨》）。
当代一些学者认为，黄宗羲日本之行确为“乞师”。第一，黄宗羲本人之着述中虽无明确记载是否参与日本“乞师”之行，但从其《避地赋》和《日本乞师记》中仍可找出不少证据。《避地赋》叙述他渡日本的路线、情景和感想。谈到由于日本当时“销兵忘战”，“粉饰隆平”，“风俗侈汰”，而致使东行毫无成果，不得不“返旆西行”。《日本乞师记》也谈到，日本“承平久矣”，“多忘武备，岂肯渡海为人复仇”。这说明黄宗羲日本之行是为乞师复仇，而非“避仇亡命”，只不过是未达到预定的目的。第二，黄宗羲力主“乞师”。鲁监国政权“乞师”之举，当时曾引起异议，兵部尚书余煌指责此乃“为吴三桂乞师之续”，黄氏等人则斥余之见为“书生之见”。他说：“尽忠义士，苦思穷计，俱出于万不得已，若徒以利害相权如余煌者，真书生之见也。”（《行朝录》卷八《日本乞师记》）正惟黄宗羲主“乞师”，加以他抗清复明之决心，在廷堂之上锥击仇人和发布讨阮《公揭》那种遇事敢作敢为的性格，以及从亡国臣的身份，是完全可能应召或主动请求东行乞师的。第三，除经全祖望“始考得之”的史料外，尚有不少明清文献可证黄氏参与“乞师”。如与黄氏同时代的浙东人周容所撰《浮光杯记》、与黄氏同时代的浙东人周容在为抗清营垒中的密友高宇泰所撰《雪交亭正气录》中，所记乞师日本的某些事，与黄氏《日本乞师记》所记略同。此外，还有被史学界公认具有较高史料价值的《海东逸事》（明末遗民翁洲老民）、《鲁之春秋》（李聿求），《国朝汉学师承记》（江藩）、《国朝先正事略》（李元度）等均载有黄宗羲与兵部侍郎冯京第“乞师”日本之事。至于黄所遗着述中为何无参与“乞师”的明确记载，学者一般认可黄氏裔孙黄炳垕的揣测：“抑其时忌讳甚严，欲使起军、从亡、乞师诸大案泯没其迹，以避无妄之灾耶？”（《遗献梨洲公年谱叙》）
另有部分学者则认为，黄宗羲有“避仇”日本之行而决无“乞师”日本之举。梁启超曾反驳全祖望的“己丑（顺治六年）乞师说”，指出当时鲁政权为武将把持，黄氏深感抗清之志难伸，遂于顺治六年秋以清廷要“录其家口“为由愤然出走，潜归故里，黄氏既已作出这样的抉择，何以时隔不足两月，却又返向舟山奉使日本？这在情理上讲不通。如此轻于去就，观黄氏一生行事也全然不符。因此全氏所断言的这一年黄宗羲日本”乞师“是不可信的。不少学者认同梁氏的分析，并指出全氏之考辨有不少难以自圆之处。如全氏据以判定黄之东渡日本时间的”冯京第两度乞师日本“之说，虽屡见于他的《梨洲先生神道碑文》、《冯京第墓碑》及《浮光杯诗注》等文，但未见他指出立说的史料来源。而且同书与《张苍水年谱》述及冯京第东渡日本之事，却仅有顺治四年一次，而无顺治六年二度乞师之行。因此，在未找到确凿依据之前，不能轻信全氏”乞师说“。而较为可信的正是黄氏本人所作的《避地赋》。因该赋叙述的是黄宗羲现存遗着中唯一涉及自己东行日本的文字。赋中对”避仇“的时间（被阮大铖斥为党人之时）和原因（阮大铖缉捕《公揭》签名者），为避党祸的交待是比较明确的。如赋中所云：”遂狺狺骂为党人兮，祸复丛夫俊及。……我亦何罪何辜兮，窃独罹此横流“。再从该赋写作的背景来看。此赋大约作于康熙十三四年间（1674—1675年），当时，正值三藩乱起，波及浙江。为避兵祸，黄氏奉母转徙四方。抚今追昔而作此赋，对入清以来的30余年间自己的避地生涯作了如实的书写。昔之避党祸，此时避干戈，今昔之事相联系，正说明当年东行日本”避仇“之事是肯定无疑的。
“乞师”与“避仇”两说孰是，至今未有定论，另有学者对两说均持“存疑”态度（如谢国桢之《黄梨洲学谱》和一些日本学者），更是加深了人们的疑惑。看来解此悬案，殊为不易。