1898年6月15日（光绪二十四年四月二十七日），戊戌变法的第四天，翁同龢突然被光绪帝下令开缺回籍。由于他是光绪的授读师傅、身边最亲近的大臣，因此他的开缺引起了人们的种种猜测。张孝若在《南通张季直先生传记》中说：“帝……此时已怀了变政的决心，觉得翁公过于持重，常常掣他的肘，心上也不愿意，遂……去翁。”张孝若这样说，所持依据主要是翁同龢本人的日记记载。翁在日记中曾提到他在开缺前曾因为两件事“与帝不协”，为光绪所不满。一件是德国亲王亨利二世来华的接待礼节问题。光绪主张“行西礼”、“宫中召见”，翁“力持不可”，“上皆驳之，盛怒”。
一件是光绪帝要他通知康有为将《明治变政考》等书再抄一份进呈，翁对以“臣以康素不往来”，“此人居心叵测”，于是“上怒诘责”。恰好这时安徽布政使于荫霖疏劾翁同龢、张荫桓，于是帝乃将翁“解组归田，以示保全”。但有人对这一说法表示异议，认为仅此还不足以构成光绪帝将翁同龢开缺的理由，并否认这种说法。苏继祖在《清廷戊戌朝变记》中记：光绪对翁的开缺，事前毫不知情，说帝在宣读此诏时“战栗变色”，“惊魂万里，涕泪千行”。另外，从翁同龢开缺的当天晚上，光绪仍令太监将端午节赏赐给军机大臣的葛纱围帽等物赏给翁同龢一事来看，下令将翁同龢开缺的似乎也不像是光绪帝。一说翁同龢开缺回籍是荣禄、刚毅等人挟嫌报复。胡思敬在《戊戌履霜录》（卷四）中说：“同龢旧与荣禄不协，刚毅诵奏疏，误读刘鼒（音zì）名为刘才，复为同龢所诮，刚毅引为大耻。及（康）有为败，……二人比而谗之。“持这种说法的人还相当多。《满清稗史。闻见录》里说：”常熟丢官，时人多认为实木讷（指刚毅）主之。“直至今天，还有人这么说。郑逸梅在《艺林散叶》中说：”翁松禅由荣禄媒孽倾陷而被黜。“翁同龢与荣禄是结拜兄弟，刚毅是翁同龢在刑部时的属员，是翁同龢一手大力提拔起来的，但彼此交恶已久，矛盾根深。据说戊戌政变的当天，刚毅曾在太后面前进言将翁同龢诛杀或充军戍边，后因王文韶、廖寿恒等人谏阻，才改为革职编管。从这些来看，并不排除荣、刚”媒孽倾陷“的可能性。但也有人不同意这种说法，并力白无之。陈夔龙在《梦蕉亭杂记》中就竭力为荣禄洗刷，说”维时上怒不测，幸荣文忠造膝婉陈“，翁方得以”幸免“（指免诛戮和充军）。
一说下令将翁同龢开缺回籍的是西太后。裘毓麔在《翁常熟去官之远因》中说：“翁常熟去官，言人人殊，其实甲午后，慈眷尚隆，其失眷在丁酉（1897年）秋冬，有旨交户部提款百万，搭排云殿彩棚，以万寿期近也（后生朝十月初十日），常熟持不可，内务府某大臣希后旨，遽拨百万与之。后意甚怒。
逾月，太后召见内务府大臣时，尚申詈常熟不置也。未几常熟竟开缺。（《清代轶闻》卷三）黄鸿寿在《清史纪事本末》一书中则说：“其时（指1898年6月）天津阅兵废立之谋渐有所闻，同龢密言于帝，太后侦知之，遂命开缺回籍。”梁启超给夏曾佑的信也说：“翁以阻天津之幸，至见摈逐。”（《梁启超年谱长编》）联想到翁同龢甲午年间主战、疏请停罢庆典，移祝寿费为战费及维新变法初期赞襄光绪帝变法的活动表现，再证之翁同龢开缺谕旨中的“至甲午中东一役信口侈陈，任意怂恿”，“今春力陈变法，滥保非人”的“罪名”，这一说法是颇有道理的。
翁同龢究竟缘何开缺？至今众说纷坛，尚待人们作进一步的研究。