从天津南开学校到南开大学都是私立的，办学经费主要来自社会各界的捐助，张伯苓曾向北洋军阀、官僚政客募过捐，他有一个看法：“中国近代教育之兴，近代工业之兴，多以军阀聚敛形式的原始积累而成。这种形式的原始积累基本上取决于军阀们以政治特权来巧取豪夺。但在聚敛钱财后，除一部分消费外，大部分投向教育与近代工业。”所以他认为“让他们拿钱出来办社会有益的事业总比随意挥霍强吧”，“美好的鲜花，不妨是由粪水培育出来的”。到30年代以后，南开大学经济上的亏损开始由南京国民政府补助或者说救济，1933年补助了6.2万，1934年除了国民政府补助14万，教育部还补助了4万元，1935年教育部补助3.5万元。当时几个办得好的私立大学都有这样的情况。
1936年，未雨绸缪的张伯苓在重庆办了一所中学，先叫南渝中学，后改名重庆南开中学。以前一直有一种说法，蒋介石给过重庆南开中学一笔5万元的私人捐款。实际情况并非如此，1935年冬天，华北已风雨飘摇，张伯苓到四川等地考察，计划在重庆办南开中学分校。1936年初，他到南京找一些南开校友商量筹集资金的事，消息传到蒋介石那里，当时也正在考虑应付日本威胁华北对策的蒋，立马派吴铁城邀他面谈，他便乘机表示办南开分校所需款项尚无着落。随后，他以“私立南开中学校长”名义正式向行政院和教育部提出《为设立重庆南开中学分校呈请补助事》。不到一个月，经蒋介石批准，行政院的补助费5万元就到位了，同时将经常费2万元列入了1936年度国家补助费预算内。
张伯苓向来不赞成政治干扰学校，也不赞成学生卷入政治，无论是南开大学还是南开中学，都没有因为接受了国民党政府的补助而失去独立性。曾在重庆南开中学读书的经济学家茅于轼回忆说，“政府大官的子女在学校里面也是完全平等的，都要凭本事考进去的。……一些大官的子女当时我们也并不知道，到了毕业以后才慢慢听别人说起。学校从不趋炎附势，校园里绝对没有任何特权的气氛。”