自贡市是自流井、贡井两地名的合称。据史籍记载，贡井本名公井或大公井，唐代在此设公井县。以后，公井县并入荣县。“公井”演化为“贡井”一说“公”、“贡”音近；一说大公井盐质洁白味佳，进贡朝廷，因此名“贡井”。
自流井的名称，也起源于该地区古代盐井名。明朝富顺县人熊过在《南沙文集》中所提新开自流等井，是自流井名称的最早记载。史籍称“河岸有井，自流盐水，故日自流。或曰有不见功之井，倏然涌出，非关人力，是以得名”。自流井一名，不仅作为一口盐井名，而且作为这一地区盐井群的称谓，并演化成为这一地区的名称。
自流井、贡井原分属富顺、荣县，但两地生产和经济上联系极为密切，逐渐融为一体，由于产盐多，税利厚，一直受到历代官府的重视。清雍正七年、八年分别在贡井、自流井设县丞。1911年11月，自贡地方临时议事会成立，要求设立独立的行政区域，拟命名为“新知县”，后未被批准。抗日战争爆发后，两湖、西北及西南七个省、区食盐要靠自贡盐场供应，为适应形势需要，1937年建立自贡特种警察局。1938年6月1日建立自贡市政筹备处。1939年9月1日，经批准正式宣布自贡市为省辖市。