阮元的祖父阮玉堂，字履庭，号琢庵，武进士出身。以游击(略次于参将)的身份，随总督张广泗征苗。民粮尽想投降,靠近营寨跪哭，阮玉堂为此请总督准许苗民归降，总督怕苗民诈降，说:"若是诈降，你担当这个罪吗?"因此不准允。
阮玉堂察觉苗民确实是诚心投降，愿以死罪承担责任。第二日，总督以"朝降众发三炮，不背约逃避，才算真降"为由，对苗民发三炮，打死数十人，苗民惊恐而降。
后来又进剿横坡，活捉男女老幼几千人。总督想要全部杀掉，阮玉堂再三劝阻，总督不肯听从，不得已，于是请求说:“强壮能执兵器反抗的,可以杀,妇女及十六岁以下男子,务必免除一死。”总督这才同意他的请求。于是出营分别男女年纪，苗民环跪而哭，声音响彻山谷，把强壮者杀掉，其它全部活了下来，给以口粮。这是阮玉堂的所做的积德之事，上天有好生之德,滥杀人是最不祥的事！而阮玉堂能够以忠勇尽责的心征战，以仁爱不滥杀无辜的心处世，故以保存几千无辜苗人性命的阴德，感得上天赐福。
阮元的父亲阮承信，字得中，号湘圃。他一生没有为官，也未参加考试。奉父命，在扬州照顾祖母。三十岁后，决意不求仕进，补国子生，闭户守贫，熟读诗书，娴习骑射。
有一次，他在渡口拾到一个布袋，打开一看，里面装的全是银子，还有一份官家文书在里面。他心里想，这件事上关国家急务，下系丢银人的性命，必须等着还给失主。在渡口等到傍晚，果然来了一个人，准备投水自杀。一问正是丢银子的人。那人哭着说：“丢了钱害了我自己，又连累了我的上级，不如我先死了吧！”阮湘圃连忙拿出布袋还给他，不告诉自己的姓名。
阮湘圃湖北有个老朋友的女儿，因家里穷要卖到妓院里去。讲定身价是二百两银子，女孩正在家哭闹要自杀。正好被客游汉口的阮湘圃遇到。他立即倾其所有赈济其家，并给那个姑娘办嫁妆，让她嫁给了读书人。
阮湘圃为人性格慈悲好义，壮年出外做了大盐商（估计是妻子江氏家）的伙计，一年的薪俸有八百金，但他常常救人急难，资助孤贫，出手数十金，也毫不在意，以至于家中贫困，妻子缺衣少食。即使这样，他也安然自若。
有一年，宣城的街市不慎着火，被烧毁的有数千家。穷苦人家无力租房，男女老幼都露宿街头。忽然有一天下起了滂沱大雨，难民们都站在泥水中，互相恸哭。这情景，恰巧被客游此地的阮湘圃目睹，他非常伤感，心里盘算，这些赤贫百姓，安置的费用不过百金，花费并不太多。阮湘圃想伸手援助，就找到当地的商家，说明计划安置的办法，商人们都嘲笑他人微言轻，自不量力。阮湘圃愤慨地说：“各位连乡亲的情谊都不顾，我虽然不是本地人，也一定独力做好这件事。”他回去跪在堂前长号，请求自己的雇主，提前发给自己数十金薪俸，雇主满足了他的要求。阮湘圃即刻招来工匠搭好了百十间的屋棚，使得无家可归的贫民能够栖身避雨。当地人都感怀他的恩德。
到了年底，雇主给他算薪俸，他的薪俸全都预支光了。阮湘圃只好徒手回乡，家中贫困得差点无法过年。幸好此时阮湘圃的儿子阮元在书院读书，聪明博学，闻名当地，深得地方官的器重，常有馈赠，才勉强度过了难关。
儿子阮元后来做了浙江学正，阮湘圃跟儿子去了那里生活。后来有一位本地的商人，来拜访阮湘圃，阮湘圃以礼相待。寒暄叙旧过后，来人仿佛不经意拿出两张纸说：“这两张契约价值千金，就送给你老先生过寿。”阮湘圃愤怒地说：“我平生就是以不义之财为耻，所以才一辈子贫穷，你为何不吝千金，无故酬谢我？这是对我的羞辱！如果你有什么事求我的儿子，我的儿子受朝廷的恩惠，清正廉洁，还不能报答万分之一，你能用这种手段来玷污他吗？你如果以礼相访，我以礼相待；你如果以贿赂而来，你今天恐怕出不了我的门槛。”那个人只好低着头，羞辱惭愧地匆匆告辞。
阮湘圃饱读诗书，虽怀才不遇，但他一生策划了五件大事：第一件大事是依靠盐商重视教育的传统，把阮元培养成经天纬地之才；第二件大事是依靠江春的势力，把阮元一直推介到当朝王公大臣和乾隆皇帝的身边；第三件大事是请山东巡抚做媒，把衍圣公的孙女孔璐华介绍给阮元做夫人；第四件大事是修建北湖阮氏宗祠、阮氏宗谱和扬州家庙。种借势登高的智慧和手段，不是常人所具备的；第五件大事是帮助阮鸿、焦循、阮常生、阮亨、阮先、阮克、阮充等成就了一番非同一般的事业。
阮湘圃的儿子阮元，乾隆四十九年（1784），21岁的中秀才，隶籍扬州府仪征县，五十一年成举人，五十四年中进士，充庶吉士。次年散馆，取中一等第一，任翰林院编修。五十六年大考翰詹，他又是一等第一，很得乾隆帝的赏识，任为少詹事、南书房行走，同年晋为正詹事。年轻的阮元以他的优异学识，平步青云，走上仕宦道路。
乾隆五十八年阮元出任山东学政，六十年改为浙江学政，任满回京，先后官兵部、礼部、户部侍郎，经筵讲官。嘉庆四年（1799）充会试副主考，次年出任浙江巡抚，一度丁父懮离职，后复任，嘉庆十四年，因循隐罪夺职。这是阮元一生官场上惟一的一次失意。
回京后的阮元，任编修、国史馆总纂。嘉庆十七年出为漕运总督，二十一年晋湖广总督，次年改两广总督，任至道光六年（1826），其间有时兼任粤抚、粤海关监督。离两广改任云贵总督，十五年调进京城，任体仁阁大学士，管兵部事。道光十八年，阮元75岁，以老病请准休致，二十六年加太傅衔，二十九年（1849）病逝，享年86，谥文达。
阮元为官清廉，善察民情，尽力为民解忧。湖广总督任上造闸筑堤，兴办水利。阮元知识广博，在经史、小学、天算、舆地、金石、校勘等方面均有极高造诣。任浙江学政时，修编《经籍纂诂》。阮元积极发展教育事业，在浙江创办诂经精舍，在广东创办学海堂，培养了许多人才。前人赞阮元“身经乾嘉文物鼎盛之时，主持风会数十年，海内学者奉为山斗。阮元为官善政的故事，不可计数，本文不做更多叙述，读者可在网上搜集和阅读。
扬州阮氏家族数代人的不断积善，使得家族后代快速兴旺繁荣。先后出了20多位典型人物——
阮鸿（阮元的叔叔、幕僚、管家）、
阮亨（阮承春的儿子、过继给阮鸿为长子，阮元的堂弟、幕僚、清代文学家）、
阮克（阮鸿的二儿子、阮元的幕僚）、
阮先（阮鸿的三儿子，阮元的幕僚）、
阮充（阮鸿的四儿子，阮元的幕僚）、
阮常生（阮嗣琳生，过继江夫人为子，阮元的长子，官至清河道、直隶按察使）、
阮福（阮元二儿子，官至户部郎中、甘肃平凉知府、湖北宜昌、德安知府，钦加三品衔）、
阮祜（阮元三儿子，奉旨补授山西司郎中、四川潼州知府）、
阮孔厚（阮元四儿子诰授奉政大夫、例晋朝议大夫、福建按察使）、
阮贵生（阮天宝的儿子，仪征监生）、
阮祓（阮充长子）、
阮恩海（阮元的长孙，直隶州知府）、
阮恩洪（阮元的孙子）、
阮恩浩（阮元的孙子）、
阮恩山（阮元的孙子）
--源自《北东园笔记三编》、《履园丛话》、《夜雨秋灯录》、《清稗类钞》、《清史稿》等