在《三国演义》第七十五回，有一个脍炙人口的故事“关云长刮骨疗毒”。
关云长的右臂被曹仁的弓弩手射中一箭，“箭头有药，毒已入骨，右臂青肿，不能运动”。这时，名医华佗坐了小船，专程赶来给关云长治疗。关云长一边与马良下棋，一边伸臂让华佗刮骨疗毒。这时，“佗乃下刀，割开皮肉，直至于骨，骨上已青；佗用刀刮骨，窸窸有声。帐上帐下见者，皆掩面失色。公饮酒食肉，谈笑弈棋，全无痛苦之色。”没一会儿，华佗刮尽毒药，关云长马上“臂伸舒如故，并无痛矣”。人们钦佩关云长的英雄风度，也钦佩华佗的神医妙手。
这段故事只是一种传说，它的真实性并不可靠，但是在历史上华佗确有其人，而且确实是古代一位妙手回春的神医。如今，人们还常常用“华佗再生”“华佗再世”之类的词句来形容医术高明的医生，可见华佗的影响之深。
在史书上，记载着许多关于这位名医的动人故事。
有一次，一个人的肚子痛得非常厉害。华佗检查了一下，断定是“肠痈”（即盲肠炎），必须开刀治疗。于是，华佗便用酒配制了麻醉药——“麻沸散”，让病人喝下。没一会儿，病人就昏昏沉沉，不省人事。这时，华佗用沸水煮过的小刀划开病人的右下腹，切除溃烂的盲肠，再用消毒过的线缝合。过了一个月，病人就痊愈了。
据考证，华佗是历史上第一个使用全身麻醉术的人。过了1700年之后，欧洲人才开始使用麻醉药。另外，在三国时代能够施行这样的开刀手术，也是很难得的。
华佗很注意收集民间单方。有一次，他在路上遇见一个人在车中呻吟，一问，说是咽喉阻塞。华佗嘱咐他只消到前面的饼店里买个大饼，加上三两蒜泥和半碗醋，调和着吃下去，就会好的。那人按照华佗的吩咐去做了。不久，竟吐出一条长长的蛔虫。原来，华佗曾多次遇上这样的病人，采用这种民间单方，又简单又见效，药到病除。
华佗除了给人治病之外，还常常劝人加强锻炼，增强体质，预防疾疾。他模仿虎、鹿、熊、猿和鸟这五种动物的动作，创造了一种医疗体操——“五禽戏”。华佗曾教许多人做五禽戏。他自己也每天坚持练五禽戏，所以50来岁时，还能翻山越岭，健步如飞，身体很好，牙齿也一颗未掉。他的学生吴普，每天做五禽戏，竟活到90多岁。
华佗不仅医术高明，热心助人；更可贵的是，他刚正不阿，不畏权势。
曹操在东汉末年时，当上了丞相。他患偏头痛。听说华佗是神医，便请华佗治病。华佗用毫针刺在曹操的“鱼腰”“攒竹”两个穴位上，治好了曹操的病。曹操要留他在身边做侍医，华佗不愿光为他一个人服务，就借口妻子有病，回家乡去了。
不久，曹操的偏头痛又发作了，派人到乡下找华佗。结果发现华佗正忙着给乡亲们看病，而他的妻子压根儿没有病。
曹操大怒，要处死华佗。曹操的谋士荀彧连忙请求曹操宽恕华佗：“华佗的医术确实高明，关系别人的生命，应该加以宽容，留他的性命。”曹操不听。
华佗曾写过一部医学着作《青囊经》。他在狱中，想把这部书稿交给一个姓吴的牢头，以便将来有机会印成书，造福后代。可惜，这位牢头害怕自己受牵连，不敢接受。华佗在悲愤之中，用火烧掉了这部宝贵的着作。
这位神医死于曹操刀下，终年才50多岁！
就在华佗被处死之后不久，曹操也病重而亡。
人们深深怀念这位不屈的神医。至今，徐州城内还保存着华佗墓。在华佗的故乡安徽亳州，建有华祖庙。