陈子昂高举改革大旗，开一代诗风，被尊为唐代诗祖，在中国文学史上有着重要地位。但是，他的一生很短促，只活了42岁，便死于非命。对于他的死，历代文人学士和史学家都很关注，然而公说公有理，婆说婆有理。
有人认为陈子昂因其父文林郎去世，悲伤过度而死。大历六年（771 年）赵儋代梓州刺史鲜于所撰建德碑说：“及军罢，以父年老，表乞归侍。至数月，文林卒。公至性纯孝，遂庐墓侧，杖而后起，柴毁灭性，天下之人莫不伤叹。年四十有二，葬于射洪独坐山”。碑文显然排除了他人加害的因素。杜甫则相反，他到过陈子昂故居，后在《送梓州李使君之任》诗中说：“遇害陈公殒，于今蜀道怜。君到射洪县，为我一潜然。”（见《杜工部集》卷十三）对陈子昂遇害而死深信不疑。那么，陈子昂究竟是何原因为谁所害呢？陈子昂的生前好友卢藏用在《陈氏别传》中曾有所披露：“子昂性至孝，哀号柴毁，气息不逮。属本县令段简贪暴残忍，闻其家有财，乃附会文法，将欲害之。子昂荒惧，使家人纳钱二十万，而简意未已，数舆曳就吏。子昂素羸疾，又哀毁，杖不能起。外迫苛政，自度气力恐不能全，因命蓍自筮，卦成，仰而号曰：”天命不佑，吾其死矣！‘于是遂绝。年四十二。“（转自《陈子昂传注》第261 页）从这段话里可以看出；陈子昂过分伤悲是一个因素，更主要的是受县令段简所逼，自绝于”舆曳就吏“之时。《旧唐书。陈子昂传》基本上承袭了《别传》的说法，所不同的是，改”数舆曳就吏“为”简乃因事收系狱中，忧愤而卒。“《新唐书。陈子昂传》则在此基础上进一步肯定说：”果死狱中“。这样就得出一个结论：陈子昂为段简所害，死于狱中。
但是，人们只要稍加思索，就会发现这个结论站不住脚。因为陈子昂虽然曾被逆党陷狱，参谋帷幕，又被贬为军曹，但在圣历元年（698 年）五月十四日《上蜀川安危事三条》时，恢复了“通直部行右拾遗”的身分，此后不出数月，即解官归侍，“天子优之，听带官取给而归”，说明是得到了武则天的许可，带职带薪归乡。既然如此，段简一县令，怎敢随意加害朝廷命官？因此，南宋哲学家叶适提出了大胆怀疑，他说：“子昂名重朝廷，简何人？犹二十万缗为少而杀之，虽梁冀之恶不过。恐所载两未真也。”（见《习学记言序目》卷四十一《唐书》四）对这个问题，唐代文学家沈亚之是作过探讨的。他曾指出：“乔（知之）死于馋，陈死于枉，皆由武三思嫉怒于一时之情，致力克害。一则夺其妓妾以加憾；一则疑其摈排以为累，阴令桑梓之宰拉辱之，皆死于非命。”（见《上九江郑使君书》，《沈下贤文集》卷八）始将陈子昂之死同武三思联系起来，明代文学家胡震亨对此极表赞同，他说：“尝怪陈射供以拾遗归里，何至为县令所杀。后读沈亚之《上郑使君书》，始悟有大力人主使在，故至此。”（见《唐音癸签》卷二十五）王运熙也推测说：“像子昂这样持身正直坚决反对淫刑的人物，恐怕是早被武三思认作眼中钉的（前此子昂坐逆党下狱，可能即出于武三思这类人物的陷害），只是到这时才有机会假手段简致害罢了。”（见《陈子昂和他的作品》，附《陈子昂集》）这样看来，上有武三思主谋，下有段简直接加害，“果死狱中”，顺理成章，所以，近年来国内文学史教材皆沿此说。
其实，陈子昂的死因，并未诠解，武三思这个“大力人”毕竟在幕后，直接下手的段简，据《新唐书。来俊臣传》所记，“则简直一无气骨人”。岑仲勉曾在《陈子昂及其文集之事迹》一文中提出怀疑：“以武后、周、来之淫威，子昂未之惧，何独畏夫县令段简？……余由此推想：谓子昂家居时，如非有反抗武氏之计划，即必有诛讨武氏之文字，《别传》所谓‘附会文法’，匣剑帷灯，饶有深意。唯如是，斯简之敢于数舆曳就吏，子昂之何以惧，何以贿，均可释然。及不甚其逼，遂一死谢之，“（见《辅仁学志》第一、二合期）近年出版的《陈子昂诗注》一书中，有注者彭庆生所修年谱一篇，对岑仲勉的推想不以为然，他说：“岑氏所疑极是，唯推想子昂有反抗武氏之计划或文字，却未免凿空。依当日情势，倘子昂有此种计划或文字，段简必然上奏，断无权擅自处理，而《别传》亦不得言其’附会文法‘。”然而《学术月刊》1983年第2 期却发表葛晓音的文章，为岑仲勉的推想作了论证，认为“陈子昂集中《我府君有周居士文林郎陈公墓志文》可能是他招祸的直接原因”，这篇碑文中的“青龙癸未，唐历云微”，“大运不齐，贤圣罔象”等语的”言外之意显然是说武后不应天命，并非圣君”，“犯了武后的大忌”，“段简抓住了这个把柄，以碑文附会律法，按大唐律法‘十恶’条中第‘六曰大不恭’，其中‘指斥乘舆’、‘无人臣之礼’都是死罪。不要说一个小小的拾遗，就是宰相也在劫难逃。”该文为《别传》所立“附会文法”一语作了铺陈，但亦属推测之言。即是依该文所论，对陈子昂的死因，仍有疑窦，诸如：陈子昂的招祸与武三思有无关系？是“果死狱中”，还是死于“舆曳就吏”之时？是“为县令所杀”，还是“不堪其逼，遂一死谢之”？