清初三大疑案之一的“太后下嫁”，说的是顺治朝太后博尔济吉特氏下嫁给摄政王多尔衮。博尔济吉特氏（1612—1687年），史称“孝庄文皇后”，蒙古族人（父塞桑，受封为内蒙古科尔沁部贝勒），系清太宗皇太极妃，清世祖福临生母，一生扶立二代幼主（子福临及孙清圣祖玄烨），掌握和影响朝政达几十年，终年75岁。多尔衮（1612—1651年），清太祖努尔哈赤第十四子，太宗时封和硕睿亲王。清世祖以冲龄即位后，多尔衮即称摄政王，于顺治元年（1644年）统兵入关，镇压李自成等农民起义军，取明朝统治而代之，并创建了清入关后各项制度，成为清朝政权的实际开创者。
“太后下嫁”之说自明末清初既己流传，清末排满时重又复炽，传播300 余年而未有定论。本世纪30年代明清史大师孟森着《太后下嫁考实》，力辨其无，但近代学者中亦颇有以“太后下嫁”为事实者，其所持各端，俱有说焉。“太后下嫁”说之背景，在于崇德八年（1643年）皇太极死后皇位继承权的激烈斗争。由于皇太极生前未指定皇位继承人，所以他的第十四弟睿亲王多尔衮、他的长子肃亲王豪格和第九子福临围绕着皇位展开了角逐。
当时作为政治、军事力量唯一支柱的满洲八旗中，三股势力的对比，对年仅6 岁的福临大为不利：皇太极自将的正、镶黄旗和正蓝旗中，两黄旗倾向豪格；镶蓝旗旗主济尔哈朗表示拥立豪格；多尔衮取得了两白旗的支持，两红旗旗主礼亲王代善的儿子硕托、孙子阿达礼起初也拥戴多尔衮。但是福临的生母博尔济吉特氏首先看准了代善辈份和威望最高，因而具有左右大局的力量，便紧紧拉住代善，使两红旗长支持福临。
继之八旗中力量较弱的济尔哈朗的镶蓝旗也自然听命于代善而倒向福临。然后因两黄旗系皇太极自将，拥立豪格和福临皆可，也舍豪格而举福临。最后，博尔济吉特氏使多尔衮改变初衷，拥戴福临。结果是幼主福临即位，是为清世祖，年号顺治。5 年后豪格被多尔衮构陷，削爵下狱而死，而多尔衮则由摄政王而封叔父王、皇叔父、皇父，持国柄至死。
从福临即位以后豪格狱死和多尔衮殊荣的两种截然不同的结局来看，人们往往以为多尔衮有翊戴之功而豪格则觊觎帝位。但多尔衮为什么要拥立福临，说者又往往以为与“太后下嫁”有关。这从顺治八年多尔衮死后宣布其罪状中“自称皇父摄政王，又亲到皇宫内院”等语中可窥见。更增加人们怀疑的是记载在蒋良骥《东华录》中的上述这两句话，后来在修实录时删去了。
与“自称皇父”和“亲到皇宫内院”相印证，南明弘光政权的权兵部尚书张煌言《建州宫词》有诗云：“春宫昨进新仪注，大礼躬逢太后婚”，“掖庭又闻册阏氏，妙选孀娃足母仪”。前言太后再婚，后言清俗不讳再嫁，“太后下嫁”遂成通行之说。
反对“太后下嫁”之说者驳之日：蒋氏《东华录》所记与张煌言诗，不能作为“太后下嫁”确证。他们或谓“皇父”犹古之“尚父”、“仲父”，是君主对某个臣下的尊称；或谓“皇父”系清世祖封多尔衮为“皇叔父”后
以其定鼎功勋桌着，无可进爵，乃以“皇父”为封。“皇父”之于皇帝仍为臣下，非太上皇可比。又“皇父摄政王”满文为Haniamawang ，直译为“汗（君）的父王”，而满族旧俗向有呼尊者为父之例，多尔衮前封之“皇叔父摄政王”满文为Haniccikeamawang，直译为“汗（君）的叔父父王”，其中也用了ama （父亲）的称呼。至于后来修实录讳言“皇父”，则是因为实录修于多尔衮追夺封爵之后，凡所追夺者俱删，并非只是删去“皇父”字样。
所谓多尔衮“亲到皇宫内院”则指他曾渎乱宫廷，不是指与太后大婚。多尔衮在构陷豪格死于狱后，曾取其福晋（夫人），遂有无礼于太后之传说。张煌言诗系远道之传闻，敌国之口语。诗非信史，不足为凭。后人附会“春宫昨进新仪注”为降清之钱谦益撰太后大婚仪注，则更为无稽之谈。
从史料考证说明无“太后下嫁”之事实，固然亦能成说，但清代文网森严，事涉宫闱，更密而不泄，因而有的学者从理论上及满族的习俗上推论“太后下嫁”之可能。博尔济吉特氏既然要为自己的亲生儿子谋取皇位，扩大政治势力乃其必由之途径。以博尔济吉特氏之随机应变之政治手段之高明，不会不考虑到婚姻“是一种借新的联姻来扩大自己势力的机会”（恩格斯语）。
而且满族人关前社会性质虽已由奴隶制向封建制迅速过渡，但还保留着兄死则妻其嫂等一些旧俗遗风。叔嫂相配的现象即使在汉族中也容或有之，当不足为怪。《朝鲜仁祖李倧录》记载：郑太和说多尔衮“似是已为太上矣”。“太上”与“太后”对称，是“太后下嫁”的一个旁证。
总之，“下嫁”是否确有其事，在目前难以遽然定论，只有待新的材料发现和研究工作的深入，才能解开个中之谜。