1907年7 月，秋瑾与徐锡麟分头准备于浙皖两地举行反清起义。徐锡麟在安庆仓卒举事，枪杀安徽巡抚恩铭，被捕遇害。清政府得奸人密报，派兵包围了秋瑾所在的绍兴大通学堂，秋瑾被捕了。在敌人严刑审讯时，她坚贞不屈，视死如归，两天后在绍兴轩亭口英勇就义。秋瑾是中国民主革命的先驱之一，然而，这位女界英烈是怎样被捕的？历来众说纷纭。
有人说她曾“开枪拒捕”。此说最早出于绍兴知府贵福之口。贵福得知绍兴学堂和革命党有牵连的密告，星夜渡江，晋省告变，然后会同山阴、会稽两县县令和省兵管带徐方诏的400 余人查抄大通学堂。秋瑾被捕后，又是他们三人连夜开堂审讯，拟电请示浙江巡抚张曾扬后处决秋瑾。他在发布的《安民告示》中说：“秋瑾竟敢开枪拒捕。”（《秋瑾史料》）
也有人说少数学生拒捕，而秋瑾未拒捕。清兵包围学堂时，学堂内尚有学生10余人，有的出后门游泳而逸，有的出前门持军械拒敌，但秋瑾居内舍，为清兵所执。（见陶成章《浙案纪略》）列传三）“唯有体育会女教员秋瑾，闻声知警，躲入校内紫草房中，兵勇复四处搜查，亦被捕捉。”（《徐锡麟》附录）还有的说当时并没有交战。这种说法主要来自一些目击者的记述。着名史学家范文澜的家就在大通学堂附近，相距不过百步之遥。当时他哥哥范文济是该校学生。事变发生时，范文澜曾亲往操场观看，看到“满操场的都是兵”，未见激战场面，只是听到几声枪响而已。（见《中国妇女》1957年
第8 期）大通学堂学生朱赞清，当时刚刚吃过早饭，听到枪声后从学堂逃出来，他在后来回忆说，学生们从大门往外跑时，遇清兵阻击，有两人中弹，一个腹部中弹后落入河中淹死。（见《大通师范学堂》）佛奴在《秋女士被害始未》中记述了某君于外出归途中亲见秋瑾被捕的经过：“贵福带兵四百余名，围住大通学堂，学生出逃，当即枪毙多人。秋瑾与程毅等出面诘问，均被拘去，沿途肆意殴打。行至某处，一兵将手枪二支掷于道旁，指为女士裤裆中落出。”既然双方并未交战，秋瑾也就不会“开枪拒捕了”。
还有一种说法是“束手就擒”。陶成章的《浙案纪略》说：当清兵包围大通学堂时，如果秋瑾“召集体育会之学生，犹足以杀贵福而占领绍城，虽无大有为之处，犹愈于束手待毙”。说秋瑾是束手就擒的。冯自由所着《革命逸史》也说：浙江巡抚张曾扬派兵渡江，赴绍兴围捕。消息传来，秋瑾令学生把枪藏起来。众学生都劝秋瑾出奔，秋瑾不答，众学生散去者数十人。
清兵至学堂，又有学生劝秋瑾向后门乘船渡河而逃，秋瑾神色自如，只令学生及办事员先走，自居内室端坐不动。清兵攻入前门，秋瑾束手就擒。陶成章是浙江革命党人，在光复会中有重要地位，且与秋瑾过往甚密，他的记述影响极大。冯自由是秋瑾参加同盟会的介绍人，所记不能不信。此外，秋宗章《六六私乘》亦持此说。多年来，史学界对秋瑾的被捕经过，一般都采“开枪拒捕”之说。有些秋瑾传专门有一节“血战大通校”，说秋瑾率领学生当场打死清军几十人。中华民国史料丛稿《民国人物传。秋瑾》也说：“秋瑾和少数学生持枪械同清兵搏斗，击毙清兵数人，学生死两人，终因众寡悬殊，抵抗失败，秋瑾及程毅等六人不幸被捕。”至于一些描写秋瑾的电影、剧本等文艺作品，更是绘声绘色，细致入微了。
近年来，史学界对秋瑾“开枪拒捕”之说提出了疑问。郭长海于1982年第12期《学术月刊》撰文认为：秋瑾在得知徐锡麟起义失败，风声日紧的情况下，采取了应变措施，如销毁光复会文件、革命党人来往函件，将学生操练用的枪枝弹药数十支藏匿。她要渡过难关，静待一周后的全省大起义。
从被围的客观情况看，也不存在武装拒捕的可能性，清兵400 余人，而大通学堂在校学生只有10多人；案发时清兵一无伤亡，学生中只有两人在越河逃跑时中弹伤亡，当时与秋瑾同时被捕的还有程毅等6 人，其中有叛徒蒋继云，他们的口供以及其他档案都没有秋瑾“开枪拒捕”的记载。至于贵福的“告示”咬定秋瑾“开枪拒捕”，是因为秋瑾被捕前已藏起枪弹，烧毁文件，定罪无凭证；秋瑾被害后，贵福又受到社会舆论的谴责，他知道治下的臣民“犯上作乱”将会祸及自己。而且，他平时和大通学生的关系也不错，在大通学堂开学之日，曾书赠秋瑾一副对联：“竞争世界，雄冠地球”。审讯时，秋瑾在公堂上指着贵福说他也是“同党”，这使贵福必欲置秋瑾于死地而后能安了。所以，他一夜之间三次往访劣坤周百图，以谋“杀秋法条”。商议结果，“拒捕已可为据，贵福采纳之”。（见《秋瑾史料》）于是，在向巡抚的报告和《安民告示》中都说秋瑾“开枪拒捕”了。
秋瑾是激进的资产阶级革命党人，被捕后大义凛然，坚不吐实，壮烈牺牲，为何没有武装拒捕呢？《浙江学刊》1983年第1 期发表潘鹤松的文章，认为秋瑾是出于战略上的深谋远虑，即等待嵊县党羽万余人的到来，然后举事，共同袭取杭州。另外，秋瑾对当时形势的险恶、敌情的严重估计不足，以为只要藏起枪弹，销毁文件，便可如四月间搜查大通学堂一样无事了。