作为一代开国皇帝，司马睿在历史上的威名远不如秦皇宋祖，人气甚至盖不过宋高宗。究其原因，除了他“恭俭之德虽充，雄武之量不足”，一生无所作为之外，还在于他死得太早，死得太窝囊。在非正常死亡的开国皇帝中，能被臣子活活气死的，恐怕也只有东晋的司马睿了。
关于司马睿的身世，有一段非常有趣的传说，即“牛继马后”。意思是说，当年司马懿在谶书《玄石图》中看到了“牛继马后”四个字，担心司马氏天下有朝一日会被牛氏夺走，故“深忌牛氏”。当时，有一员猛将叫牛金，颇有战功，司马懿便“以毒酒鸩”之，认为这样就绝了后患。不想，司马觐之妻夏侯氏浪荡成性，竟与一个牛氏小吏私通，生下了司马睿。这件事虽是传说，但《晋书》、《宋书》上都言之凿凿，《魏书》则干脆直接说：“司马睿，……晋将牛金子也。”或许正是这段离奇的身世，不经意间揭开了司马睿郁闷、窝囊的悲剧人生。
司马睿（276—322），字景文，司马懿曾孙，司马伷之孙，司马觐之子，东晋开国皇帝。十五岁时，司马睿被封为琅琊王。“八王之乱”后期，司马睿依附于东海王司马越，被封为平东将军、监徐州诸军事，留守下邳。匈奴刘渊起兵入侵后，中原局势恶化，司马睿采纳王导之谋，请求移镇建邺（今南京）。当时，司马越也想在江南培植自己的势力，作为日后的退步之路，便欣然同意。永嘉元年（307）七月，司马睿移镇江东。永嘉五年（311）五月，司马睿被封为镇东大将军，成为江南地区的最高行政长官。建兴四年（316）十一月，西晋灭亡，司马睿称晋王，改元建武。次年（318）三月，司马睿被拥立为皇帝。
司马睿能当上皇帝，主要在于王导、王敦等人的包装和谋划。司马睿初到建邺时，由于缺乏威望，吴人没把他当咸菜。过了一个多月，仍没有人来拜访，这让他感到很尴尬和失望，索性“以酒废事”。在王导的劝谏下，司马睿才从醉生梦死中清醒过来。为了提升司马睿的人气指数，王导和堂兄王敦利用三月三民间集会之机，与其他社会名流毕恭毕敬地骑马跟在司马睿的身后，以反衬司马睿的崇高地位。江东世家大族的头面人物纪瞻、颇荣等人看到这种阵势后，无不对司马睿望风归服。鉴于王导王敦兄弟的鼎立支持，司马睿不仅给他们高官厚禄，还要和他们一起面南背北治理国家，“王与马，共天下”的说法即源于此。
对于这份超乎寻常的宠遇，王导全力推辞，而王敦内心却蠢蠢欲动。王敦是司马炎的女婿，且“素有重名”。拥立司马睿称帝后，王敦“专任阃外，手控强兵，群从贵显，威权莫贰，遂欲专制朝廷，有问鼎之心。”王氏兄弟虽“立大功于江左”，但是，一个家族的权力太大，总是皇帝所不愿意看到的。所以，司马睿“畏而恶之”。为了抑制王氏兄弟势力，司马睿即位后又重用了刁协和刘隗两个琅邪王幕府中的旧人，以疏远王导王敦。这种安排，使王敦“益不能平，于是嫌隙始构矣”。后来，王敦每次酒后便大声歌咏曹操的“老骥伏枥，志在千里；烈士暮年，壮心不已”，而且用力“以如意打唾壶为节”，以至于“壶边尽缺”。无论是高歌的内容，还是伴奏的激烈，都包藏着王敦对司马睿政权的不满、轻蔑和挑衅。
王导被疏远后，尚能保持平常心，但王敦却不那么痛快。在他看来，司马睿能当上皇帝，东晋能够偏安江南，王氏兄弟功劳系于一半。大兴三年（320），王敦上疏，为王导“顷见疏外”发表不满，并请司马睿回忆当年所说的“吾与卿及茂弘（王导）当管鲍之交”，言外之意就是指责司马睿言而无信，过河拆桥。这道奏疏到了朝廷，被王导退了回去，而王敦却再次派人送交司马睿。司马睿看到这份奏疏什么心情，史籍中没有记载；但一个臣子公开说自己的不是，司马睿心里的那份郁闷和窝火是免不了的，于是“帝愈忌惮之”。不久，司马睿便“以刘隗为镇北将军，戴若思为征西将军，悉发扬州奴为兵，外以讨胡，实御敦也”。
王敦是个聪明人，不难看出司马睿此举的别有用心。然而，北伐名将祖逖等人的存在，让王敦自知不是对手，所以一直没敢动手。大兴四年（321）九月，祖逖病逝，王敦自认为天下无敌，起兵对抗朝廷的计划也随之提上了日程。永昌元年（322）正月，王敦以诛杀刘隗为名再次上疏，并在武昌起兵叛乱，江南大族沈充也起兵响应。在奏疏中，王敦还以“隗首朝悬，诸军夕退”，来威胁司马睿就范。王敦兵至芜湖时，又上表大谈刁协的罪状，让司马睿杀掉刁协。王敦甚至还提出，如不按照他的意思办，就像伊尹幽禁商太宗太甲那样，让司马睿以此改过自省，重新做人。司马睿“大怒”道：“是可忍也，孰不可忍也！”
生气归生气，但王敦实力不容小觑，为此，司马睿又开始笼络王导。永昌元年（322）三月，司马睿以王导为前锋大都督，自己亲率军队迎战，急招戴渊、刘隗前来救援。然而，关键时刻，守城将周札开门投降，王敦兵不血刃就打进了石头城。司马睿忙命刁协、刘隗、戴渊等人夺回石头城，但均遭大败。戴渊、刁协被杀，刘隗投奔石勒，司马睿一败涂地，“官省奔散，惟有侍中二人侍帝”。无奈之下，司马睿“脱戎衣，着朝服”对王敦说：“欲得我处，但当早道，我自还琅邪，何至困百姓如此！”意思是说，王敦你如果想当皇帝，早和我说啊，我把皇位让给你，还当我的琅邪王去。何苦让百姓跟着受苦呢？在历代开国皇帝中，能被臣子搞得这样狼狈，这么窝囊，这般没有尊严的，司马睿是第一个，也是唯一一个。
司马睿近似哀求的话，并没有抚平王敦的狼子野心。不久，王敦便自己为自己加官进爵，“敦乃自为丞相、都督中外诸军、录尚书事”。司马睿征讨王敦时，曾下令“有杀敦者，封五千户侯”，而王敦却把自己“封武昌郡公，邑万户”，无疑又将司马睿嘲弄了一番。司马睿称帝前积累的那点人气，如今已是荡然无存；皇帝徒具虚名而已，朝中任何事情都由王敦作主。王敦看到太子司马绍有勇有谋，便想以不孝而废之，后因百官皆不从而作罢。四月，王敦还师武昌，遥控朝政。七月，王敦“自领宁、益二州都督”。此后，王敦更加猖狂，以至于“四方贡献多入己府，将相岳牧悉出其门”，司马睿和他的朝廷显然成了摆设。
司马睿眼睁睁地看着王敦飞扬跋扈，逼辱朝廷，蔑视皇权，却没有一点办法。永昌元年（322）闰十一月，司马睿在极度郁闷和窝囊中去世，享年四十七岁。关于他的死，《资治通鉴》称“帝忧愤成疾，闰月，己丑，崩。”《魏书》称“睿畏迫于敦，居常忧戚，发病而死。”《晋书》称“闰月己丑，帝崩于内殿”，未提死因，显然是为司马睿留了面子。司马睿死后，儿子司马绍即位，继续受制于王敦。太宁二年（324）六月，王敦病死。司马绍在铲除其党羽之后，下令将王敦“发瘗出尸，焚其衣冠，跽而刑之”，总算为父亲司马睿出了口恶气。不过这一幕，司马睿是永远都看不到了。车身全靠车头带，一个王朝也不例外。东晋后来的皇帝大都受到权臣的掣肘，这不能不说是受开国皇帝司马睿“失驭强臣，自亡齐斧”的负面影响。