章武元年（221年）七月，刘备不顾诸葛亮、赵云等绝大多数臣僚、将领的规谏，亲率蜀军七万多人，以为义弟关羽报仇为名，孤注一掷地对吴国发动了大规模的进攻。东吴名将陆逊以“积极防御”的策略，历时一年的坚守，后发制人，“火攻蜀军连营”，在夷陵重创蜀军主力。刘备见全线崩溃，逃往夷陵西北马鞍山，命蜀军环山据险自卫。陆逊集中兵力，四面围攻，又歼灭蜀军数万之众。至此，蜀军溃不成军，大部死伤和逃散，车、船和其他军用物资丧失殆尽。刘备乘夜突围逃遁，才得以摆脱追兵，逃入永安城中（又叫白帝城，今重庆奉节东）。次年四月，刘备恼羞于夷陵惨败，一病不起，临终前将刘禅托付给诸葛亮、李严等蜀汉重臣，令其辅佐新帝兴复汉室，随后就亡故于白帝城，史称“永安托孤”。
刘备逝世后，太子刘禅继位，紧尊父命，封诸葛亮为武乡侯，开设官府办公。此时，南中地区因刘备大败而乘机叛乱，曹魏、东吴两国也虎视眈眈，蜀汉政权岌岌可危。据《诸葛亮集》记录，魏司徒华歆、司空王朗和尚书令陈群等人就曾写信劝降诸葛亮，欲让其举国称蕃。然而，诸葛丞相不为所动，在领益州牧后，政事上的大小事务，均亲自细心决断，国内政事随之也有了起色。同时，诸葛亮认为，君主刚刚辞世，国家根基不稳，不宜发兵征讨中南叛军，转而采取外交手段，派邓芝及陈震出使东吴重新缔结联盟，消除了南中叛军的外部支援。建兴三年（225年）春，诸葛亮见时机成熟，亲自率军南征，深入不毛之地讨伐雍闿、孟获，并采取参军马谡的建议，以攻心为主，分化瓦解对手，先打败雍闿军，再七擒七纵孟获，至同年秋，平定了南中地区的所有乱事，并获得一定的兵源补充。在诸葛丞相的不惜努力下，蜀汉帝国实力也有所恢复，逐渐摆脱了夷陵兵败的阴影。
建兴四年（226年），诸葛亮统领蜀汉大军进驻汉中，开始大规模训练士卒，积极筹备北伐曹魏。同年，曹魏文帝曹丕病故，曹睿即位，是为明帝。诸葛亮见时机成熟，上书《出师表》给刘禅，陈述出师北伐的原因，表明自己统一中原的希望，开始了自建兴六年至十二年五次北伐的序幕。《三国演义》中的“六出祁山”似乎有些不妥，史实中，诸葛亮前后出师北伐共有五次，只有第一次和第四次是取道岐山的。其中，以第一次北伐机会最佳，也最值得后人所研究与回味。
建兴六年（228年）春，诸葛亮准备出兵北伐，将领魏延主动请缨，请诸葛亮发万兵（五千为后勤部队）给他出子午谷袭取长安，其认为魏军主将夏侯楙怯而无谋，见蜀军突至，定会自乱阵脚，由此便可一举攻克，再与由斜谷出兵的蜀军主力会师，这样长安以西便不再属于曹魏了，这便是后人所说的“子午谷奇谋”，但诸葛亮认为此计过于凶险且难以成功，故弃而不用。子午谷，南北纵向，长约三百三十公里，北起陕西省长安县西南秦岭山中，南至石泉县；北端出口叫做“子口”，南端出口称为“午口”。子午谷悬崖绝壁，栈道无数，其险要的原因则在于秦岭。秦岭又称为终南山，山势西高东低，为长江、黄河两大流域的分水岭。子午谷贯穿其中，其山势之险峻，途径之恶劣，也就不言而喻了。依照魏延计划，蜀军可在短时间内成功，而后集中兵力坚守险要的潼关、武关、蒲坂等地，确保关中的安全，而且可以防止魏军主力的快速增援。由于魏国陇右和河西地区兵力不多又分散，完全可以随后逐步加以各个击破。此计听起来甚是巧妙，但其中存在着很大的风险，五千兵马攻不下长安自不用说，蜀军肯定不能越过长安而固守一两个险关而自掘坟墓；即便蜀军能凭借突袭取得长安，甚至潼关、武关，以蜀军的军力（蜀军不过十万左右，也就是相当于魏军的一个大军区），仓促间能不构筑起坚固的防御，仍然是一个大问题。一旦魏军从潼关、武关、蒲坂多路挺进，与关中余部形成里应外合之势，刚刚进入关中的蜀军形势将变得十分不利，处理不当会有全军覆没的危险。北伐的十万蜀军是蜀汉帝国的根本所在，倘若覆灭，蜀汉也就算亡了。故而，飞刀认为，初次与魏军交手，诸葛先生的选择应该说是妥当的，至少魏延的“子午谷奇谋”也确无必胜的理由。史实中，诸葛亮则派出由赵云、邓芝率领的一支军马作为疑兵，自箕谷摆出要由斜谷道北攻郿城的态势，以吸引魏军注意。魏明帝曹睿命曹真都督关右诸军，前往抵御赵云。诸葛亮趁机亲率蜀军主力趁势向祁山（今甘肃省西和县西北）发起进攻。毫不夸张地讲，当时没有人想到蜀国能够在夷陵惨败、刘备辞世后如此短的时间内组织起如此有效的北伐力量，因此，魏国对于蜀军的北伐毫无防备，直接导致了陇右的南安、天水和安定三郡无力抵抗，天水、南安太守甚至弃守郡城向东逃窜，魏国天水守将姜维、梁绪、尹赏、上官子修等投降诸葛亮，雍州刺史郭淮则退往上邽固守待援。顷刻间，陇右五郡（陇西、南安、天水、广魏和安定）有三郡投降了诸葛亮，仅有广魏郡和陇西郡拒不投降，战报传到洛阳，曹魏朝野恐惧，魏明帝曹睿情急之下决定御驾亲征，急率大军救援关右，坐镇长安，并派遣大将军曹真督军至郿县防御蜀军赵云部，令张合率军五万前往抵抗诸葛亮部。诸葛亮随即也派遣马谡为前锋，抢先占据街亭设防。同时，为了防备曹魏雍州刺史郭淮从临渭出击配合张合的进攻，于是诸葛亮又命令将军高翔率领一支军队屯驻在临渭以北、街亭以南的列柳城。魏军名将张合出拒，因马谡处理战事过于草率，被张合于街亭击败。诸葛亮见势不利，拔西县千余家返回汉中。这就是“一出祁山”的始末。
此后，曹魏感觉到了蜀军的巨大威胁，在曹操当年“固守关中策略”的指导下，构建了以秦岭为依托的巩固防线，以守为主，等待时机，致使蜀军之后的数次北伐都无功而返。建兴十二年（234年）二月，诸葛亮进行了自己一生的最后一次尝试，率大军出斜谷道，据武功五丈原（今陕西省岐山南），屯田于渭滨，期间诸葛亮送女人用的头巾发饰给魏军都督司马懿，但司马懿忍辱据守不出，并以“千里请战”的托词平息了将士们的愤怒。八月，诸葛丞相终因积劳成疾，病故于五丈原，结束了其英武悲壮的一生。
先生的旷世才华，不必飞刀多言，看过《诸葛亮集》的人都会知道；而先生的耿耿衷心，也无需飞刀也多讲，看过《出师表》的人自然就会懂得。山河风流多才俊，千古华夏英杰辈出，但飞刀独爱诸葛先生，对于他的崇拜是难于言表的，以自己的能力再写先生的生平也端的没有“演义”中那么精彩洒脱；如今对于先生的一些负面评论，飞刀也不愿再多做批驳，清者自清，浊者自浊。飞刀有幸曾亲自到过三秦，看到了巍峨耸立的秦岭山脉，不由得想到了“六出祁山”的故事，此刻它的真与假已经显得不重要了，重要的是：曾经有一位英雄，为了他毕生的伟大追求而在此挥师征战过。