太平天国起义时期，捻军是纵横于中原的一支劲旅。1864年，天京沦陷，太平军部与捻军结为一体，在豫南地区进行整顿与改编，组成了以赖文光、张宗禹、任化邦等为首的一支新捻军。
由于太平天国失败，全国农民起义力量失去了中心，西北、西南等少数民族起义虽然此起彼伏，但彼此隔绝、孤立无援。满、汉地主阶级沆瀣一气，加紧围剿新捻军，新捻军的活动愈益艰难。为了适应新的斗争形势。1865年至1866年，由赖文光和张宗禹分别率领，新捻军曾两次分军又两次会合。
1866年秋，新捻军从山东返回河南。赖文光“恐独立难持，孤立难久”（《太平天国》丛刊第2册），决定派张宗禹、张禹爵等率领一部分新捻军往陕西、甘肃联合当地抗清回民起义军，以为犄角之势。新捻军由此分军两部：由张宗禹、张禹爵率领向西北进军的一部称为西捻军，由赖文光、任化邦率领转战于中原的一部称为东捻军。
新捻军分为东、西两军是捻军史上的一件大事。东、西捻军于何时何地分军？据现在见到的资料，大约有三种说法。
一种说法是同治五年九月十三日（1866年10月21日）在河南中牟分军。《淮军平捻记》说：“贼首张总愚、任柱、赖汶洸分道各窜，遂为东西二股，世号东捻、西捻”，“张总愚率股自中牟窜许、陕，经灵、阌入秦是为西捻；而任柱、赖汶洸一股复由豫回窜东境，是为东捻，二股自此遂分”。
时河南巡抚李鹤年向清政府奏报，也称在中牟分军：“逆捻自中牟南窜，旋分两股：东股任、赖等逆由陈留、兰仪、考城窜向东北，扰及金乡以南；西股张逆南窜许州”（《剿平捻匪方略》）。李鹤年是同捻军交战的豫军头目，他的奏报应较为可信。直录总督刘长佑在《捻匪东西分窜片》奏报中与李鹤年所奏相同。此外，又有《豫军纪略》等记载可作旁征。
一种说法是同治五年九月十五日（1866年10月23日）在河南许州（今许昌）分军。这种说法主要见于当时负责镇压捻军的清朝钦差大臣曾国藩的信函。曾国藩《复刘子恕太守》记：“不料贼至许州等处，分为两股：张逆则由禹州西窜汝、洛，任、赖则由鄢陵东窜曹、考。”在另一通《复李幼泉副郎》函中，曾国藩据各处探报，亦记在许州分军。同治五年十月十三日，曾国藩在《汇报近日军情折》中说：“窃捻逆全股，由山东曹州窜回预境杞县、扶沟等处，臣于九月十三日驰奏在案。维时尚不知贼分两股之说”（《曾国藩全集。奏稿》二十五卷），此折中又提到捻军“攻扑许州”。据此，捻军分军在“杞县、扶沟等处”，但是此折并没有排斥在许州分军。
曾国藩于1865年5月被清政府任命为剿捻的总头目，奉命节制直隶、山东、河南三省军务。曾国藩四布坐探，情报灵通，他对于他的主要敌手捻军的行踪，尤其是捻军分军这样一件大事是不可能不清楚的。
另一种说法是在同治五年九月十二日（1866年10月20日）于河南陈留、杞县分军。这种说法主要见于《湘军志》、《湘军记》等史料。曾国藩在奏稿中也曾提到在杞县分军。《太平天国史事日志》明确记载：1866年10月20日（阴历九月十二日），“捻在河南陈留、杞县复分为二支”。《清史稿》记河南巡抚李鹤年曾“亲赴陈留、杞督战”，但没有提到捻军在陈留、杞县分军。
由此看来，分军时间三说为：同治五年九月十二日；九月十三日；九月十五日。分军地点三说为：河南中牟、许州，陈留、杞县、扶沟等处，其资料来源均较可靠。有的同志以为，捻军分军是一件大事，似不可能商定将某天作为分军日，或在某天迅将军队一分为二，所以分军时间可能在九月十二日到九月十五日。关于分军的地点，由于新捻军主要采用流动作战方式，忽来忽去，飘泊不定，因此分军不一定有具体地点，也不一定局限于某地作为分军地点。从地图上看，许州、中牟、陈留、杞县四地构成一个三角地带，分军有可能是在这三角地带流动作战中完成的。但这仅仅是一种推测。
新捻军分为东、西捻军是战略上的失策。东、西捻军分军后，不仅未能互为犄角、相互支援，反而削弱了捻军的力量。东、西捻军被迫在两个战场上分别对清军作战，势孤力单，给敌人造成了各个击破的机会。新捻军分军是捻军史上的一个转折点。由于资料记载不一，捻军究竟于何时何地分军还是一个悬案。