统一台湾，也是康熙皇帝惦念的一件事。郑成功在收复台湾以后不久，就生病去逝了。他的儿子郑经、孙子郑克爽先后割据着台注，康熙皇帝力排众议，决心统一台湾。在康熙皇帝二十二年（公元一六八三年），清朝将领施琅率军攻占了台湾。从此，清朝政府对台湾实行了有效的行政管理。这件事对维护国家统一和反对外国侵略有着重要意义。
台湾土地肥沃，物产丰饶，对福建、广东沿海缺少土地的农民很有吸引力。很多人渡海到台湾岛去谋生。清朝政府总觉得台湾和大陆之间隔着大海，担心台湾岛上百姓一旦造反，不好收拾。于是颁布禁令说，若发现“偷渡者”，一律打五十大板，再押送回原籍。但是，无论官府怎样三令五申，也无济于事，人们这次渡海不成，下次再来，照样成群结伙地拥向台湾。
可是，台湾的官僚地主们霸占了大片田地，向农民征收高额地租，官府的赋税也层层加码。加上政治上的严密控制，人民的生活很痛苦，人身自由也受到威胁，不满情绪越来越高。
康熙皇帝六十年（公元一七二一年），台湾发生了海啸和地震。百姓们以为是天神发怒，就合伙凑钱请戏班来唱戏谢神。台湾知府王珍认为这是个发财的好机会。他污蔑百姓私自结盟，图谋不轨。一下子就把四十多人关进了监狱。几天之后，王珍又借口有人违犯官府禁令进入深山偷砍竹子，把二百多贫苦百姓投入监牢。对于能出钱贿赂他的，立即翻译；拿不出钱的，打四十大板，押送过海，撵回原籍。台湾的百姓提起王珍，没有恨得不咬牙的。很多地方都爆发了反抗官府的起义。“鸭姆皇帝”朱一贵就是当时最著名的起义领袖。
朱一贵是福建漳州人，迁居台湾以后，先在官府当差役，不久又到罗汉门这个地方做起养鸭子的营生。后来，他成了一个养鸭能手。那些“呷呷”乱叫的鸭子，每天早晨和晚上，在他的指挥下居然排着队出入。当地老百姓见了，不禁暗暗称奇。朱一贵性格豪爽，喜欢结交各路朋友，有佩带宝剑的壮士，也有五大三粗的和尚。只要朋友们一来，朱一贵就宰鸭煮酒，同大家一起开怀痛饮，每到夜深人静的时候，人们还常常听到朱一贵家里传出他和朋友们为明朝灭亡而擂胸顿足的痛哭声。
其实朱一贵已经和他的那些好朋友商议起义的事了。朱一贵说：“我姓朱，如果说我是明朝皇室后裔，支持咱们的人一定会更多。”大伙都觉得朱一贵说得有理，一致表示说：“老朱年纪大，是大哥，我们都愿意打您的旗号。”事后，大家就都去分头准备。
朱一贵有一个盟兄弟是和尚。他奉命到台湾城内活动，每天敲着木鱼，走街串巷，暗中宣传说，四月份将有大难，大难降临的时候，只要在门口放一张香案，香案上插一面写着“帝令”的小旗，就会太平无事了。人们听了都暗暗记在心里。
这一年四月十九日，朱一贵自称“明朝后裔”“大元帅朱”，宣布起义，罗汉门周围百姓听说是朱一贵带头举事，都来参加，很快就聚集起了一万多人。他们兴奋得像过节一样，宰牛煮酒，削竹为枪，整整忙了一夜。
第二天拂晓，起义队队伍举着“激变良民，大明重兴，大元帅朱”的大旗，兴冲冲地出发了。他们首先包围了离台湾城仅三十里的岗山清营，清军还没明白发生了什么事，一见来了这么多人马，吓得四散逃命去了。起义军毫不费力便打了胜仗。
官府得到报告，连忙派游击将军周应龙围剿起义军。周应龙是个能说会道的大胖子，一向靠逢迎拍马来讨好长官，打起仗来却没什么本事。这一次他奉命出战，不敢不去，只好硬着头皮强装好汉。率领清军开出台湾城。可这个胆小鬼第一天只走了五里路，就停下来休息，第二天，也不过走了十五里，又停了下来。夜里，起义军偷袭和周应龙仅隔一条小溪的另一部分清军。周应龙只是隔着小溪观战，却不敢救援，眼睁睁地看着起义军杀死清军守将，缴获大批军械，还不敢发一兵一卒。
周应龙见到起义军就像老鼠见到猫，对老百姓却又是另一副凶神恶煞般的面孔，烧杀抢掠，无恶不作，弄得驻地附近从早到晚鸡犬不宁，这样，百姓们更拥护起义军了。
朱一贵的队伍就像滚雪球似的，几天功夫就发展到十万人，他们一鼓作气攻下台湾城，台湾的文武官员，包括台厦道梁文宣、台湾知府王珍，都搭船逃往澎湖去了。台湾城的老百姓排列起香案迎接起义军。
起义军进城后，拥戴朱一贵为“大明中兴王”，还发表檄文宣告中外：要“横渡大海，会师北伐，饮马长城”，重兴明朝。朱一贵出身平民，深知官兵骚扰给百姓带来的危害。他严纪律，不准士兵抢掠，因此起义军深受百姓爱戴。因为朱一贵曾经养过鸭子，所以很多人都亲昵地称他为“鸭姆皇帝”。
农民军及时扩大战果，很快就控制了台湾大部分地区。可惜这时候，起义军内部发生了分裂，力量削弱了，也给清军造成了可乘之机。福建提督施世骠（施琅的儿子）率领一万清兵，渡海打进鹿耳门，不久又攻下台注城，占领了台湾府。在慌乱中，朱一贵被手下奸细出卖，献给了清军。
朱一贵被捆绑着押送到清军兵营。他岸然直立，不肯下跪，一个官员狠狠地说：“看你跪不跪！”说罢命人打断了朱一贵的腿。朱一贵站不住，就趴在地上，强忍疼痛，对被捕的手下将领说：“大丈夫要为忠义而死！”不久之后，朱一贵和众将被押到北京。他们仍不屈服，都壮烈牺牲了。
朱一贵牺牲以后，台湾人民的反抗斗争并没有停止。一些幸免于难的起义将士潜伏在荒野岭，秘密活动着。后来，台湾又先后爆发了吴福生起义、黄教起义、尤其是规模浩大的林爽文起义，这些起义虽然都失败了，但是沉重打击了清朝的统治。