雍正跟年羹尧的私交非常好，并且给予了年特殊的荣宠。雍正认为有年羹尧这样的封疆大吏是自己的幸运，如果有十来个像他这样的人的话，国家就不愁治理不好了。平定青海的叛乱后，雍正极为兴奋，不顾有失至尊的体统，说年羹尧是自己的"恩人"。雍正还要求世世代代都要牢记年羹尧的丰功伟绩，否则便不是他的子孙臣民。
雍正曾经对年羹尧说："朕不做一个出色的皇帝，就对不起你如此地待朕；你如果不作英武超群的大臣，就不能回报朕对你的知遇之恩。但愿我们两个能给后人做千古榜样。"
然而，此时的年羹尧，志得意满，完全处于一种被奉承被恩宠的自我陶醉中，进而做出了许多超越本分的事情，最终招致雍正的警觉和忌恨，以致家破人亡。
雍正二年十月，年羹尧第二次进京觐见雍正。在赴京途中，他令都统范时捷、直隶总督李维钧等跪在道旁迎送。到北京以后，迎接他的王公以下官员也都跪在路边，年羹尧安然坐在马上，看都不看一眼。王公大臣下马向他问候，他也只是点点头而已。甚至他在雍正面前，态度竟也十分骄横，要求雍正奖赏军功，整治阿灵阿等人。这大大刺伤了雍正的自尊心。
年羹尧回任后，即接到了雍正的谕旨，上面有一段论述功臣保全名节的话："作为人臣，建立功业很容易，但是守住这份功劳难；守住功劳容易，毕生持之以恒难。历史上有很多例子，功臣却倚功造过，结果导致帝王反恩为仇，这在人的性情中常有。"在这个朱谕中，雍正改变了过去嘉奖称赞的语调，警告年要慎重自持。此后年羹尧的处境便急转直下。
两年以后，雍正暗示下的朝廷议政大臣向雍正提交了年羹尧的九十二款大罪，请求立正典刑。雍正说，其中应服极刑及立斩的就有三十多条，但念及年羹尧功勋卓著、名噪一时，"年大将军"的威名举国皆知，如果对其加以刑诛，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上心狠手辣、杀戮功臣的恶名，于是表示开恩，赐其狱中自裁。年羹尧父兄族中有官职的全部革职，嫡亲子孙发遣边地充军，家产抄没入官。叱咤一时的年大将军以身败名裂、家破人亡告终。