1661年，顺治帝去世，才八岁的康熙即位。顺治帝临死前留有遗诏，命鳌拜等四位大臣做康熙的辅政大臣，帮助其处理国家大事。鳌拜因为立过战功，手握兵权，因而根本不将小皇帝放在眼里，更不愿意与其他三位辅政大臣商量，什么事情都独断专行。鳌拜成了康熙帝头一个心腹大患，成为康熙帝要清除的头一个目标。但宫中卫士多是鳌拜挑选的亲信，不能信任。康熙帝就借口要练习摔跤，从贵族子弟中挑选出十多个棒小伙进宫，表面上是陪他摔跤，暗地里却给这些小伙作了布置。一天，鳌拜大摇大摆地走进内宫时，宫门突然关上，十多个身强力壮的少年将他团团围住，把他摔倒在地，捆绑起来。接着，康熙帝下诏宣布鳌拜的罪行，将他投入监狱。
清除鳌拜后，就该解决吴三桂的问题了。当时，骄横跋扈的藩王不止吴三桂一个，广东有平南王尚可喜，福建有靖南王耿精忠。他们都是早期投降清廷的原明朝官员，因为跟随清军入关打农民军，打明朝军队，打反清义军卖力，立了“大功”，受到清廷的奖赏，就有许多特权，因而非常骄横，不肯再服从清廷的指挥，从而妨碍清廷政令的统一，成为新国家潜伏着的祸害。这三个藩王被称为“三藩”。
康熙帝深感“三藩”危害的严重性，他将平“三藩”与治理黄河、办理漕运作为三件最重要的国家大事，写成字条悬挂在宫殿的柱子上。
“三藩”也深知清廷对他们不信任，迟早会对付他们，但一时还吃不准会采取什么措施，严厉到什么程度。他们都心怀鬼胎，想试探一下朝廷的态度。平南王尚可喜老了，就上了一道奏章，请求告老还乡，但要求将王爵传给儿子，继续带兵镇守广东。康熙帝也想借此机会试探“三藩”对撤藩的承受程度，就顺水推舟，批准尚可喜告老还乡，但要撤销平南王府，王爵不能继承，理由是广东安定，不必再设藩王镇守。
这个答复深深震撼了三个藩王。吴三桂一面加紧准备造反，一面邀靖南王耿精忠一道再上奏章，请求康熙帝同时将“三藩”都撤掉。
吴三桂本意是希望康熙帝会做出些挽留的姿态，他们就顺水推舟留下来。谁知康熙帝竟然同意了，他又惊又恨，决定起兵造反。1673年农历十一月，吴三桂杀掉云南巡抚朱国治，发布讨伐清廷的檄文，自称“总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”，并写信给平南王、靖南王及各地老部下，包括台湾的郑经，要他们共同起兵造反。
长期以来对清王朝高压政策感到愤怒的人们，找到了一次抒发胸中闷气的机会，所以头几年内，许多地方都起兵响应，大半个中国都沸腾起来，清廷的统治岌岌可危。
康熙帝临危不惧，停止执行耿精忠、尚可喜两藩的撤藩命令，将他们从造反行列中暂时分化出来，以孤立吴三桂；同时迅速调兵遣将，阻挡吴三桂的进攻。
由于吴三桂在军事上犯了错误，他的军事攻势持续了几年就停止了。双方在西北、西南、中南、华南相持了八年。1678年，吴三桂六十七岁，他已经等不及了，在湖南衡阳匆匆忙忙地登上皇帝宝座，国号大周。可是到这年秋天，他就病死了。
此后形势大变，清军的进攻越来越猛烈。到1681年，清军攻下昆明，吴三桂的孙子吴世璠自杀，“三藩”的叛乱终于彻底平定。