努尔哈赤征战一生，后兵败宁远城。七月份因患毒疽，前往清河汤泉疗养。后病逝，终年六十八岁。他死之前，并没有指定谁作为自己的接班人，因此对于皇太极是怎么继位的问题，历史上一直存在很多疑问。
清朝人蒋良骐在《东华录》中记载，多尔衮曾经说过“太宗文皇帝（皇太极）之位原系夺立”。按此说法，努尔哈赤生前已经决定让多尔衮继承汗位。皇太极阴谋算计，从多尔衮手中夺取了汗位，并且还逼死多尔衮的母亲阿巴亥。
但是后来，皇太极很信任多尔衮，大力提拔，而多尔衮也建功立业，逐渐成为皇太极的得力助手，兄弟俩感情十分好。在皇太极死后，多尔衮又辅佐皇太极的儿子福临登基称帝。
另一些人认为，皇太极的汗位是通过激烈争斗得到的。努尔哈赤死后，皇太极与其他贝勒争夺汗位的斗争异常激烈，最后，皇太极击败对手自立为汗。其中，皇太极与代善的争斗尤为激烈。
代善是努尔哈赤的次子，有威望和功勋，也有强大的实力，一直都是汗位的有力竞争者。皇太极抓住一切可以抓住的机会，处处打击代善。他利用代善与努尔哈赤妃子有暧昧关系一事，推波助澜，借助舆论，促使努尔哈赤废黜了自己的妃子，代善的威望也因此遭受极大损害。
然而，除了以上两种说法，皇太极的汗位更有可能是通过选举产生的。
太祖努尔哈赤活着的时候，没有定下谁是下一届汗王，而是确立了在八个贝勒中选择一人当汗王的办法。在八个贝勒中，代善在之前威望受损；多尔衮等年龄尚小；皇太极实力最强，也受到民众的拥戴，理所当然被推举为继承者。
少数民族尚武，皇太极那时年富力强，在政治远见、军事才能和个人威望上都高出其他贝勒一大截。由于没有确立一定的继承制度，遇大事须协商办理，因而推举才能卓着的皇太极继位，也是很正常的。
1626年，皇太极登上汗王，宣布次年为天聪元年。而他确实没有辜负努尔哈赤以及百姓的期待，南征北战，为大清统一全国打下了坚实的基础。