拓跋珪到晚年时，与部落贵族的争杀白炽化。恐惧、不安和过度的紧张使得拓跋珪病重多疑，精神失常。史书记载“初，帝服寒食散，自太医令阴羌死后，药数动发，至此逾甚。而灾变屡见，忧懑不安，或数日不食，或不寝达旦。归咎群下，喜怒乖常，谓百僚左右人不可信，虑如天文之占，或有肘腋之虞。追思既往成败得失，终日竟夜独语不止，若旁有鬼物对扬者。朝臣至前，追其旧恶皆见杀害，其余或以颜色变动，或以喘息不调，或以行步乖节，或以言辞失措，帝皆以为怀恶在心，变见于外，乃手自殴击，死者皆陈天安殿前。于是朝野人情各怀危惧。有司懈怠，莫相督摄；百工偷劫，盗贼公行，巷里之间人为希少”(《魏书·太祖纪》)。拓跋珪成了名符其实的孤家寡人。北魏政局，岌岌可危。此时，唯独吏部尚书崔宏之子、著作郎崔浩恭敬殷勤，不稍懈怠，有时整日不归家。崔宏也小心谨慎，既不得罪，又不献媚取宠，故父子安然，得以免祸。
天赐六年(409)七月，在魏国的百余家慕容氏密谋逃走，拓跋珪知道后，将其全部杀死。在穆崇死后感到势单力孤的拓跋仪，见拓跋珪有疾，多杀大臣，便自疑出逃，拓跋珪将其追回，并于八月赐死。之后，拓跋珪又借口这年“天文多变”，准备杀死与拓跋仪有牵连的诸王子弟三十余人。
十月，拓跋珪立长子齐王拓跋嗣为太子。在魏国，凡是被立为太子的，都要先杀其母，以免其干政。但拓跋嗣为人孝顺，哀泣不自胜，拓跋珪为此大怒。拓跋嗣回到住处，日夜号泣，拓跋珪知道后，又召其入见。拓跋嗣的部下对他说：“孝子事父，小杖则受，大杖避之。今陛下怒盛，入或不测，陷帝于不义。不如且出，待怒解而进，不晚也”(《魏书·太宗纪》)。拓跋嗣于是出外躲藏。
当初，拓跋珪到贺兰部，其母贺氏之妹甚美，便想纳为己有。贺太后说：“不可。是过美，必有不善。且已有夫，不可夺也”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。拓跋珪未听，派人暗中将其夫杀死，然后纳为妃子，并生清河王拓跋绍。拓跋绍为人凶很无赖，游手好闲。拓跋珪对其非常不满，曾将其倒悬在井中，直到快死时，才拉上来。拓跋嗣也为此经常屡责备他，拓跋绍因此与拓跋嗣不合。
十月戊辰(即公元409年11月6日)，拓跋珪谴责贺夫人，并将其囚禁，准备处死，因天黑推迟未决。贺夫人秘密通信给儿子拓跋绍，要他来救。深夜，拓跋绍带领着私人卫队，由宦官引路跳越宫墙闯入拓跋珪的卧室。睡梦中的拓跋珪惊醒，没有找到自卫的武器，便被拓跋绍乱刀砍死，终年只有三十九岁。不久，拓跋嗣回宫，处死贺夫人和拓跋绍，即帝位，史称明元帝。永兴二年(410年)九月，拓跋嗣追谥拓跋珪为宣武皇帝，葬于盛乐金陵，庙号太祖。泰常五年 (410年)，改谥为道武帝。