总督、巡抚是明清时期地方军政首长。总督的地位声望约高于巡抚。但就其设置而言，却是先有巡抚，后有总督。
巡抚之名，始于明太祖令太子朱标“巡抚”陕西。后来每年都要派中央官员巡抚地方。这一时期，巡抚性质同于“钦差”，本身不是官号，没有品级，可兼中央监察、组织部门的都御史和吏部尚书、侍郎等官衔。以便主掌地方官吏考察和军民安抚。因为属中央官，所以有事派出，事毕返京。宣宗宣德二年（1427年）以后，由于地方动乱，开始常设巡抚，并开始了以省为管辖单位的巡抚制。巡抚职权不断扩大，不仅掌政，而且掌军，实际上已成为地方军政首长，但其中央官性质未变，还必须经常上京汇报地方军政事务。清代康熙（1662一1722年）以后，全国除直隶、四川外，每省都设一员巡抚，规定了巡抚品级。至此，巡抚才正式成为地方官，但仍遵行旧的兼衔制。
战乱时期，各地巡抚互不统属，往往贻误军机。为统一调度，就设立了专管军事的总督。总督性质同于前期的巡抚，兼衔一样，也不常置。自明宪宗成化五年（1469年）常设两广总督以后，才开始了正规的跨省总督制。从此，总督职权日益扩大，兼掌民政，实际上也成为地方军政首长。但其获得品级，正式成为地方官，也是清康熙以后的事。其时全国共设直隶、四川、两江、湖广、闽浙、两广、云贵、陕甘等八大总督。
我国封建官制的发展有一个特点，即中央监察官容易演变为地方军政首长。这是因为，历代封建王朝为强化中央集权，经常派出中央监察官巡视地方，这些官代表皇帝，挟制地方，逐渐夺取地方军政大权。如汉刺史、魏晋都督、唐节度使，都是由中央监察官演变为地方军政首长的。巡抚、总督由中央监察官演变为地方军政首长，则是这一特点在明清官制中的反映。