康熙帝玄烨继位时仅八岁，无法处理国家大事。顺治立下遗诏，以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣，辅佐玄烨。
虽然鳌拜的实力在四个大臣中排在最后，但鳌拜本人个性强，对权力的欲望特别强烈。他擅权自重，日益骄横，后来走上专权的道路。
费扬古的儿子倭赫在康熙身边当侍卫，可能由于年轻气盛，倭赫对鳌拜这个“满洲第一勇士”不那么在乎，表现出不礼貌。鳌拜便以倭赫擅自骑乘皇帝的马匹、取用皇帝的弓箭的罪名将他处死。要知道倭赫是费扬古的儿子，而费扬古是追随努尔哈赤起兵的五大功臣之一。不仅如此，鳌拜还以心怀不满的罪名，把费扬古以及他其他的儿子尼侃、萨哈连一并处死，家产没收，赏赐给自己的弟弟穆里玛。
康熙六年（1667年），四大辅政大臣之首索尼去世。剩下的三个辅政大臣，遏必隆只知道附和鳌拜，对鳌拜根本构不成威胁。鳌拜便锁定苏克萨哈。欲加之罪，何患无辞。鳌拜给苏克萨哈罗织了一大堆罪名，要康熙将苏克萨哈千刀万剐，开除旗籍。康熙本来知道苏克萨哈是冤枉的，但面对鳌拜的步步紧逼与威胁，只能睁一只眼闭一只眼。鳌拜最后如愿将苏克萨哈杀害，并诛灭其族人。
从此，鳌拜更目中无人了。他在朝廷上安插亲信，随意罢免、任用官员。大臣们不敢对鳌拜有丝毫异议，否则就有生命危险。他要求什么，康熙皇帝必须答应，不答应的话，他就一直上奏，直到康熙答应为止，根本没有把少年康熙放在眼里。
鳌拜的骄横跋扈、恣意专权已严重威胁到康熙的皇权。忍无可忍，无须再忍，羽翼逐渐丰满的康熙有了除去鳌拜集团的打算。但是鳌拜集团的成员遍布朝廷内外，如何巧妙地解决这个问题，成为考验少年康熙的第一道难题。假象，往往是最容易让人迷失方向的。为了制造假象，康熙可是费了不少脑筋。康熙先给鳌拜及其亲信加官晋爵，关怀备至。鳌拜生病了，康熙马上亲自前去看望，以示关心。不仅如此，康熙为了使鳌拜认为自己沉迷玩乐，亲自挑选了一些身强力壮的贵族子弟，成天和他们练习摔跤。实际上，康熙是在训练一支保卫自己的近卫军。
将这支近卫军训练得差不多后，康熙终于下定决心除掉鳌拜。他先将鳌拜的亲信派遣出京城，再将鳌拜召进宫。等鳌拜刚踏入宫，康熙便一声令下，近卫军一拥而上，鳌拜猝不及防，被摔翻在地，很快被五花大绑起来。接着，康熙命议政王等审讯鳌拜，宣布鳌拜三十条罪状，将其革职，斩立决。鳌拜看到这次真的要跟人间说再见了，马上打起感情牌。他让康熙看自己满身的伤疤，加上一番情真意切的悔过，一把鼻涕一把泪，终于说动了康熙皇帝，让他免于一死。但死罪可免，活罪难逃。从此，鳌拜被软禁了起来。
总体来说，鳌拜曾经南征北战，屡建奇功，忠于故主，始终不渝，是功臣也是忠臣。但他在康熙初年辅政时期飞扬跋扈，把持朝政，颇多恶迹，最后败在少年康熙手中，虽然免于刑戮，却身死禁所，也算是必然的结局。