《李秀成自述》，是评价李秀成功过之关键，众所周知，弄虚作假，冒功请赏，此乃清朝官吏的惯例。故1864年《李秀成自述》曾国藩刻本问世以来，人们就对其真实性提出种种怀疑：呤唎在《太平天国革命亲历记》中说：“1852年，在太平军占领雨京以前，满清官方即已捏造了一篇他们名为《天德供状》的文件，伪托是叛军领袖的供状，谎称他们俘获了这个领袖。《忠王自述》很可能也是同样靠不住的。这篇文件或为某个着名的俘虏所伪造（他可能因此而得赦免），或为两江总督曾国藩的狡猾幕僚所伪造。”
此后，随着《李秀成自述》各种不同版本的出现，人们围绕其真伪问题，提出不同的看法。1944年，罗尔纲根据广西通志馆从湖南湘乡曾国藩后人家中抄录来的《李秀成自述》原稿的抄本及拍摄来的《李秀成自述》原稿的一部分照片，从笔迹、语汇、用词、语气、内容等方面作出鉴定，认定“曾国藩后人家藏的《李秀成自述》确是李秀成亲笔”。1956年，有同志以司法部法医研究所研究笔迹的专家审定为依据，提出曾氏后人所存的《李秀成自述》乃“曾国藩所伪造”。正当讨论深入之时，曾氏后人在台湾世界书局影印出版《李秀成自述》原稿了。不久，戚本禹的奇文《评李秀成自述》，《怎样对待李秀成的投降变节行为》出笼了。紧接着“文化大革命”又降临，学术界笼罩了“万马齐暗”的黑云。但它终究不能挡住太阳的光辉。党的十一届三中全会给学术界带来了春天的气息。围绕着《李秀成自述》的真伪问题，又展开了一场更为热烈的争鸣。
1979和1984年荣孟源两次撰文断定：“《李秀成自述》不是李秀成的真迹，而是曾国藩修改后重抄的冒牌货。”其理由如下：一、李秀成写了9天，每天之间应有间隔，全文应有8个间隔。今所见《李秀成自述》原稿影印本，文字相连，看不出每天的间隔，显然是曾国藩派人把李秀成每天所写的真迹汇抄在一起的。二、写供人李秀成，删改人曾国藩、赵烈文，三方面的材料都说明李秀成真迹应是5万余字，而今留下的《李秀成自述》只有36000多字，这明显地说明是被曾国藩动过手脚的。三、《李秀成自述》原稿影印本从第1页到40页，书口均写有页码，整整齐齐，并无差错，这就说明并非李秀成的真迹，而是曾国藩删节后的抄件。四、《李秀成自述》原稿影印本中出现的“上帝”、“天王”多数并不抬头；凡“清”字均不讳，而把不该讳的“青”字写成“青”。这些，显然是违背了太平天国严格的书写规定和避讳制度。
针对荣孟源的看法，陈旭麓认为：“《李秀成自述》是李秀成的亲笔。”他说，我们不可能设想当时的李秀成好像后来的作家一样，有一个每天分节写出的章节安排；字句的款讳问题，这是李秀成的有时疏忽，又回到早年的写法，犯了讳，也并不奇怪；《李秀成自述》原稿如果是假的，曾国藩为什么要把这个假东西当作宝贝传之后代呢？为什么他的第四代曾孙曾约农还要把这个易招物议的假东西公之于世呢？
此外，还有人断言：《李秀成自述》不但是李的真迹，而且是完整无缺的。即曾国藩对他只有删改，并未撕毁；至于《李秀成自述》原稿影印本最末一句话“实我不知知也，如知”，这说明李秀成已经“彻肠彻肚”，实在无话再说了，对此断言，罗尔纲明确表示：不敢苟同。罗尔纲说：“一看‘如知’两字，谁都知道连一个句子还没有写完，必有下文，断不能到此止步。”
“查现存原稿影印本最后一页是第74页，全页写满，最末一行，最后一句说：‘实我不知知也，如知’，纸已写尽，文章未完，所以面对这一客观存在的事实，大家都认为必有撕毁。”罗尔纲又指出：今天所见的曾家影印出版的《李秀成自述》并不是完整无缺的；其74页以后，肯定是被曾国藩撕毁了，并不是冒牌货，而是真的李秀成亲笔写的。
《李秀成自述》真伪之争，不仅国内争论热烈，在国际上也引起不少人的关注。1978年4月8日国际友人路易。艾黎坦率地对《李秀成自述》的真实性提出了看法。他说：“如果像曾国藩这样一个肆无忌惮的卖国贼官吏竟然会不去充分利用被俘的李秀成来进一步达到满清的目的，这是绝对不可思议的。他可以先鼓励李写下他本人的历史，然后再通过他的专家在同样的纸张，以同样的文风，添加上有害于太平天国事业的东西。之后，在显示他本人宽宏大量的同时，对全部东西加以编辑剪裁。”又说：“由于自首书是经过篡改的，所以，曾国藩对它的完全显得异常的神经过敏。他曾命令其家属不得给他人看这份自首书。我曾亲自在上海听见过他的孙子说过这件事。”
而台湾出版的《李秀成自述》原稿影印本的英译本译者、伦敦大学柯文南则说：我相信我们今天所能细查的《李秀成自述》的确是他亲手写的，而看不出什么重要的、决定性的遗漏。
《李秀成自述》真伪之争己近半个世纪，至今仍是真伪难辨。若能对下列的一些问题作出一个圆满的答案，那对《李秀成自述》真伪之谜的揭晓，肯定是大有益的。
早在抗日战争之前，史学家陈寅恪、孟森曾以委婉的言词希望曾家后人及时发表李秀成亲笔的《李秀成自述》，为什么当时曾家后人并不理会？1944年，曾家后人只是勉强答应广西通志馆可派人前往抄录李秀成亲笔的《李秀成自述》，为什么到了1962年，曾家后人才“落落大方”地让它在台湾影印出版？