李善长是跟朱元璋早早就一起闹革命的安徽同乡，其虽没有什么武功上的建树，但作为幕后英雄，他帮朱元璋把团队管理的非常有竞争力，因此无论在战争时期，还是在大明开国初期，李善长在朱元璋心中的地位都是非比一般的，朱元璋不仅把他封为第一功臣，还给了他最高的政治待遇——中书省左丞相，此外李善长的经济待遇在那批功臣中也是最高的。
但是，随着明帝国的往后发展，朱元璋却越来越讨厌这个耄耋之年的老头子，这是为什么呢？
在南京建都以后，随着全国性的统一战争的不断胜利，大明王朝迎来了全国性的由战乱走向和平建设的大好形势，同时统治阶层的矛盾也逐渐凸显出来。
李善长与朱元璋的关系即相权与皇权之间的冲突也逐渐明化。这里面既有朱元璋这个中国历史上少有的以猜忌着称的强势皇帝方面的原因，也有李善长个人性格和处世等方面的原因。具体地说有一下几个方面：
第一，在天下未定的情况下，李善长的个性与才干是很让人刮目相看的，他多谋善断，勇于担当，这对于忙于战争与统一大业的朱元璋来说，正是求之不得的；但到了和平年代，对于已经没有战事忙乱的帝王朱元璋来说，李善长的迅速、果断、干练等优点则更多地表现出一种难以容忍的缺点，那就是对皇权的漠视与侵犯。
第二，朱元璋是中国历史上少有的疑心重的强势皇帝，由于他童年和少年时代极度的卑微，饱受了人们的鄙视；在成年以后他就表现出极度的自尊，当登上至高无上的权力巅峰时，他的这种极度自尊到了无以复加的地步；加上对历代相权与皇权相争经验与教训的借鉴，朱元璋从保护他的朱家基业万世永存的角度去考虑，当然会表现出对相权的讨厌甚至是厌恶。这一点可能是李善长所没有料到的。
第三，李善长有能耐，这没错。但是李善长很贪婪，什么都要。从现有的资料来看，当初拿他拿了胡惟庸的多少好处费就为他“说官”，这就不得而知了。但史书记载说：胡惟庸由一个小小的宁国知县，通过李善长的推荐，一下子被擢升为京官太常寺少卿，“（胡）惟庸以黄金三百两谢之”（《明太祖实录》），这可是正史明确记载的；与朱元璋结为儿女亲家了，还“让”侄子娶胡惟庸的侄女，为了李氏家族的利益，他也太不知足了；晚年即使“胡惟庸谋反案”爆发了，作为推荐人的他没被处理，居然还精神矍铄的盖起了府宅花园，等等，这一切就充分暴露了李善长贪婪的本性。
第四，中国自古以来就有“共患难易，同富贵难”的说法，这在历代君臣中屡见不鲜：范蠡、文种与勾践，韩信、萧何与刘邦，等等。朱元璋尤其是以雄猜着称于历史，所以明初位于权力中心仅次于皇帝的宰相兼淮右集团核心人物李善长自然就成为权力斗争的主角。
由于政治形势和权力中心人物心态都已经发生了变化，而洪武初年作为帝国权力中心的第二号人物左丞相李善长恰恰又没有及时看清世事变化，在心态、工作作风与行事态度等方面做出相应的调整，而是依然故我，甚至有时有过之而无不及。原本敢于任事、当机立断等优点此时变成了目中无人、擅自独断的缺点，这就使得身居大明帝国最高权力宝座的朱元璋显得“无关紧要”，同时这也是相权对皇权的不恭或侵夺，至少在朱元璋看来是这样。一次两次，尚可宽容，但一旦次数多了，就难以容忍了。加上李善长为人处世“外宽和，内多忮刻”，参议李饮冰、杨希圣稍微侵犯了他的权限，他马上奏请皇上，罢免了他们的官职；御史中丞刘伯温在立法问题上与他有了不同意见，他就破口大骂，毫不容人。《明史·李善长传》
由此看来，李善长这个人很霸道，也很阴险，是一只“笑面虎”，凡是他看不顺眼的人，或者冒犯他的人，他绝不宽容，予以无情的打击，按个罪名，上奏朱元璋加以罢黜。因此说，李善长在官场人缘关系不太好。这些被他罢免的人或与他有矛盾的人并不会善罢甘休，也会有人到朱元璋面前“哭诉”，“哭诉”的人多了，在所难免让朱元璋产生了一种印象：李善长霸道、专横，甚至可以说是一手遮天，于是他要对李善长有所限制。但朱元璋也清楚：李善长权高望重，更何况其周围还活动着一棒子淮右老乡新贵；如果对他处置不当，会引发很多的不良后果。所以朱元璋只能先“忍”着，等待合适的机会，同时又表现出一些对李善长的疏远。
就这样，朱元璋与李善长由原先相似的生活作风与奋斗目标，现在则形成了异样的价值观和审美取向，已然不能再继续合作下去了。
由此说来，朱元璋诛灭李善长一族，甚至废除宰相制度，都是有着深刻的原因的，那就是扫除一切对朱家天下稍有威胁的人，时刻树立起皇帝至高无上的权威。