“三藩”是指平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠三人。这三人原来都是明朝的将领，后来投降清朝。吴三桂驻守云南和贵州，尚可喜驻守广东，耿精忠驻守福建。
这三人虽然名义上是朝廷大臣，可实际上却各自独霸一方，俨然统治着三个独立王国。“三藩”在所镇守的省份，权力远超过当地其他官员，可以掌控当地军队、税赋，甚至私自制造货币。这三人的势力在一定程度上威胁到了皇权。特别是吴三桂，他兵多将广，实力雄厚，手下号称十万精兵。
耿精忠的父亲耿仲明和尚可喜都曾经跟随皇太极打天下。皇太极正式称帝后，论功行赏，耿仲明被封为怀顺王，尚可喜被封为智顺王，在汉人大臣中，他们的官算是最大的。清军通过山海关进入内地，吴三桂因帮助清军打败农民起义军，被封为平西王。在顺治时，改封耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王。清朝封这几个人为王，是为了笼络汉人，让他们为朝廷效力。双方相互利用，各取所需。后来，为了剿灭南方几个省份的小朝廷和农民起义军，朝廷调遣耿精忠、尚可喜和吴三桂到云、贵、川、广西、广东、福建等地。在消灭南方建立的小朝廷和农民起义军后，这三人就驻守在这些地方，势力逐渐扩大。
“三藩”在驻地肆意剥削老百姓，几乎一切都要征税。在尚可喜驻守的广东，连像鸡、猪等家畜，甚至蔬菜、水果这些本来不该征税的东西，也要征税，而且还要加倍征收；像铜、铁、锡、木材等除按规定征税外，还要加收私税。每一年盘剥十余万两白银，搞得人民痛苦不堪，怨声载道。耿精忠驻守的福建盛产海盐，老百姓以此为生，耿精忠就对海盐征收重税，利润非常大。他利用福建临海的优势，跟荷兰及东南亚各地大搞走私贸易，无所顾忌，积累起大量财富。他身为清朝的官员，居然跑去走私当强盗，这是清政府所不能容忍的。
除此之外，“三藩”每一年还向清朝索要大量的经费。福建和广东两省一年饷银就需要两千余万两，而当时全国其他军队一年的军饷也不过一千七百余万两。史书记载“天下财赋，半耗于三藩”。“三藩”已经成为清朝政府严重的经济负担，再加上三王拥兵自重，日益骄横，已成隐患。而此时南方小朝廷都逐渐被消灭，农民起义也镇压下去了，“三藩”已没有继续存在的必要。因此，康熙决心撤销“三藩”，并一直在寻找一个合适的理由。
这时，正好尚可喜年纪大了，想回老家辽东地区养老。他上书朝廷，想让自己的儿子尚之信承袭平南王封号，继续驻守广东，康熙批准了这一请求。但尚之信此人桀骜不驯，横征暴敛，酗酒嗜杀，官民怨恨，所以康熙最终下令撤销尚之信的封号。这件事情触动了吴三桂和耿精忠，他们意识到康熙有撤藩的意思。于是，他们上书朝廷请求撤销藩王，让他们回到北方。这其实是吴三桂和耿精忠的计谋，他们想以此试探康熙的态度。而康熙也不是等闲之辈，立马召集群臣商量这件事情，结果群臣意见不统一，对撤藩一事也多有顾虑。最后康熙当机立断，决定立即撤销“三藩”。因为康熙已经料想到这三王早晚会造反，撤藩一事宜早不宜迟。吴三桂等人原以为康熙会挽留他们，没有想到康熙这么干脆。
康熙十二年（1673年），吴三桂在云南起兵。为了笼络民心，他还跑到明永历帝朱由榔墓前，假惺惺地痛哭流涕一番，并表示要为明王朝复仇。然而讽刺的是，背叛明朝的是他，杀死永历皇帝的也是他，最后要给明朝报仇的还是他。
战争开始时，由于吴三桂准备充分，再伙同尚之信和耿精忠一起叛变，实力远强过清朝的地方军，因此节节胜利。吴三桂军由云贵开进湖南，几乎占据湖南全省，进而占据四川，四川官员纷纷投降，一些地方的藩王和将领响应。清军情况十分危急，形势不容乐观。在这样的情况下，康熙皇帝沉着应对，显示了很高的军事素养。
他调整战略，集中兵力对付吴三桂，对尚之信和耿精忠则采取笼络政策。这招果然奏效，尚之信和耿精忠在利益诱惑下马上又投降了清朝。
这一场仗打了整整八年，吴三桂在战争期间因病去世。康熙二十年（1681年），吴三桂孙子吴世璠自杀，清朝最终平定了这场叛乱，统一了南方。
这就是历史上的“三藩”之乱，通过八年战争，康熙消除了“三藩”这一大隐患，避免了国家的分裂，稳固了清朝的统治，有利于国家的统一和发展。分裂终不得民心，失败是必然。