今天新疆维吾尔自治区之称为新疆，始于清代，1755年（乾隆二十年）清政府平定了天山北路的准噶尔部，1759年又平定大小和卓，天山南北全入清朝版图，归伊犁将军管辖。对当时清政府而言，是新开辟的领土，故习惯上被称为“新疆”。1884年（光绪十年）将伊犁将军辖区改建为新疆省，新疆成为正式政区名。
我国历史上将新收复的疆土泛称为“新疆”的，可追溯到宋金时代。绍兴九年（1139年）宋金和议，金朝同意归还陕西、河南地。南宋下诏日：“诏新疆县令自今并差文臣。自建炎间，始置武令。刘豫因之。论者以为不学而从政，民间被害甚众，故复用文臣。”（《建炎以来系年要录》卷130绍兴九年七月甲申）绍兴九年十一月己卯，上谕辅臣日：“新疆百姓凋敝，无往年十之一，而官吏患如旧，何以赡之。可令遂路监司并省，庶宽民力。”（同上书卷133）以上两处“新疆”指新收复的河南地。
绍兴十年正月癸巳上谕秦桧日：“新疆各宜屯兵以守，得之虽易，不可以易失之。……”又日：“陕西弓箭手最为良法。神宗开边，当时甚盛。今闻其法浸弛，官司擅行役使，宜严行禁止。”（同上书卷134）此“新疆”又指新收复之陕西地。
由此可见，用“新疆”一词来泛指新收复的疆土，已有很悠久的历史。