慈禧太后的精神折磨其实是光绪帝的主要病因，即便如此，我们却不能说慈禧太后是直接谋害光绪帝的凶手，光绪帝也不是被人谋害而暴死的。因为从光绪二十五年前后，光绪帝的疾病突然恶化，日趋沉重，从未好转。到光绪三十四年春季以后，已是病入膏肓，危在旦夕，不必他人谋害，也是必死无疑。这有光绪帝临死前的“脉案”和他自书的“病原”等大量医案可以作证。
如从御医曹元恒在光绪三十四年三月初九日所写的医案内可知，光绪帝在临死前半年内，病势已十分严重，肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损。在治疗上已是寒凉药及温燥药均不能用，医生们已束手无策。到光绪三十四年五月，御医陈秉钧更在“脉案”上写有“调理多时全无寸效”之语，说明御医们对光绪帝的沉疴已无能为力。延及当年九月，光绪帝的病情更加复杂多变，脏腑功能已经全部失调，死亡只是时间问题了。
光绪帝本人对自己病情日益加重也十分着急，在他亲书的“病原”中，一再指责御医们无能。光绪三十四年五月二十六日，他因自己的病虽“屡易方药仍属加重”而斥责御医们“总系药不对症”和“草率立方”。七月初八日，他诉说自己：“病势迁延，服何药总皆无效，且一症未平，一症又起”。七月十七日，他责备御医“服药非但无功，而且转增，实系药与病两不相合，所以误事！”八月初七日，他更申斥御医是：“每次看脉，忽忽顷刻之间，岂能将病详细推敲？不过敷衍了事而已。素号名医，何得如此草率！”等等。这些斥责言词反映出他当时焦躁绝望的心情。
当时的江苏名医杜锺骏，在他所写的《德宗请脉记》一书中，也对光绪帝的病情有详细记载。杜锺骏是在光绪三十四年七月以后，被征召到京专为光绪帝治病的。他在七月十六日第一次入诊后，立即对吏部尚书陆润庠说：“我辈此来，本来是满以为可以治好皇上的病，来博取微名，今天看来多半是徒劳无益，只能不求有功但求无过了。”可见早在此时，杜锺骏就认为光绪帝的病已救治无望了。
光绪帝临终时的病情，对于他的死因更能说明问题。从“脉案”来看，大约是在光绪三十四年十月十七日前后，光绪帝的病情进入危急阶段。十六日这天，他出现了肺部炎症及心肺衰竭的临床症候，危急万分。第二天有三名御医入诊，其中就有杜锺骏，他们一致认为光绪帝已是上盛下虚，元气大亏，已经随时都有生命危险。据杜锺骏事后的描述，当时光绪帝气促口臭，带着哭声问他：“你有何法救我？”杜问：“皇上大便如何？”光绪帝说：“九日不解，痰多气急心空。”杜诊断出来，回到军机处开药方，药案中有“实实虚虚，恐有猝脱”语。大臣们说：“你这样写病案，不怕皇上害怕吗？”杜答：“此病不出四日，必出危险。现在不写，将来一旦变出非常，我难负其责，所以不得不写。”
到十月十九日，光绪出现胸闷气短，咳嗽不断，大便不通，清气不生，浊气下降，全身疲倦乏力的症状。(医案：“中气虚损，不能承领上下，以致上而逆满喘咳，下而大便不行。清气不升，浊气不降，而通体为之困乏矣！”)此时，御医们一致“甚感棘手”。到二十日，光绪已经是眼皮微睁，流着口水的嘴角轻轻颤抖。(医案：“目睑微而白珠露，嘴有涎而唇角动。”)这是现代所谓的中枢神经症状，说明已危在旦夕。当天夜里，光绪开始进入弥留状态，肢体发冷，白眼上翻，牙关紧闭，神志昏迷。(医案：“脉息如丝欲绝。肢冷，气陷。二目上翻，神识已迷。牙齿紧闭，势已将脱。”)到了二十一日的中午，光绪的脉搏似有似无，眼睛直视，张嘴捯气儿。(医案：脉息“若有若无，目直视，唇反鼻扇，阳散阴涸”。)夜半，光绪帝进入弥留状态，延至酉刻，终于“龙驭上宾”，与世长辞了。
从现代医学上来分析，光绪帝主要是肺结核、肝脏、心脏及风湿等长期慢性消耗性疾病，导致了抵抗力的下降，出现了多系统的疾病。其直接的死亡原因，可能是心肺功能的慢性衰竭，合并急性感染所造成。从光绪亲书“病原”及其“脉案”所载的病因病状及死状来分析，他自病重至临终之时，其症状演变属于进行性加剧，并无特殊异常症状出现，既无中毒或其他伤害性的征象，也没有突然性暴亡的迹象，应该是属于正常的病亡，并非慈禧太后加害。但巧合有时恰恰反映了历史的宿命，光绪皇帝就是命中注定一辈子也走不出慈禧太后的阴影。