嘉定三屠是1645年（南明弘光元年，清朝顺治二年）清军攻破嘉定后，清军将领李成栋三次下令对城中平民进行大屠杀的事件。
清军颁布剃发令，嘉定百姓拒不从命。乡绅侯峒曾带领嘉定绅民起义反清，清吴淞总兵李成栋立即领兵五千来攻。
嘉定城城破，李成栋下令屠城，市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍。 妇女们惨遭强奸。如遇抵抗，军队就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。大屠杀持续了一天，直到尸体堵塞了河流，大约有三万多人遇害。李成栋率军离开嘉定城。
但嘉定城的劫难仍然没有结束。李成栋大屠杀后的三四天，侥幸逃脱的嘉定的幸存者开始溜回城里。他们回城后在一个叫做朱瑛的义士领导下，重新集结起来，共两千多人。朱瑛领导着幸存者们在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。
李成栋又领着军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，把吴之番数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为着名的“嘉定三屠”。
背景介绍
提到“嘉定三屠”，还需从“剃发令”说起。对于让汉人剃头从满制，清王朝本是相当谨慎的。弘光朝投降，豫亲王多铎进入南京之后，曾有这样的公告:
剃头一事，本朝相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，尔等毋得不道法度，自行剃之。前有无耻官先剃求见，本国已经唾骂。特示。
然而，不久之后，这项政策却发生了180度转变。这里面有两个原因:一是政局出人意料地进展迅速，江南半壁臣服，除了东南西南，满清基本已控制了整个中原，安抚之策已达到目的；二是汉人官员的推波助澜，一些业已归顺的官员们虽换了主子，倒也不甘寂寞，或自动剃发，以示忠心不二；或上书建议，以媚上谋取赏识。满清感觉名正言顺地推行满制的时机已成熟，疑虑之心消除。六月，清军再下剃发令，命令十天之内，江南人民一律剃头，“留头不留发，留发不留头”。
但是，“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也。”孔子、孟子的儒家思想已经影响了古人两千多年，古代汉族人哪肯实行剃发令！这必然引起大规模地反抗！ 书生候峒曾、黄淳耀在嘉定（今上海嘉定）揭竿而起，反抗清朝统治。
七月初一，两军会战，当地的“乡军”虽集合了十几万人，但都是平民百姓，熙熙攘攘，拥挤堵塞，属乌合之众，毫无纪律，更谈不到组织和战斗力了，李成栋虽只有不足五千兵力，但均为装备精良、训练有素的精兵。结果，侯黄的“乡军”大败。清军在嘉定开始了三次白色恐怖，嘉定三屠就此展开。
经过
明弘光元年（1645）五月初九，清军破南京，弘光帝南逃。三十日，县令钱默出逃。
六月二十四日，清朝授县令张维熙到任。是日，明嘉定总兵吴志葵率百人，白布裹头，昼伏东门外时家坟，晚间各持火把逼近县城，扬言捉拿张维熙，张逃之夭夭。二十七日，吴志葵再临县城，士民夹道迎接复明之师。
闰六月初七，明降将李成栋部骑兵路过境内新泾桥，大肆奸淫妇女，致死7名。初八，李成栋亲率兵船百艘、马步兵2000余名停泊县城东关，大肆奸掠。初九，李率兵去吴淞，留偏裨将梁得胜等300名守护兵船。
十二日，清军下剃发令，群情激愤，远近乡兵，竞相围攻李成栋船队。船只及所掠财物悉数焚毁，斩杀清官兵84名。
十五日，李成栋去太仓求援，行至罗店又被乡兵追杀，伤亡惨重。于是，李成栋疯狂纵兵报复，滥杀无辜。
十七日，明都察院观政、进士黄淳耀及弟渊耀，与前左通政侯峒曾及子元（玄）演、元（玄）洁倡议守城。
十八日黎明，李成栋率兵攻罗店，支洪、陆文焕率乡兵抵御。李暗遣精兵东渡练祁，西渡荻泾，乡兵背腹受敌，退入镇内。时值早市，清军入镇屠杀。居民死难1604名。
十九日，黄淳耀，侯峒曾集众公议，决定划地而守，城上高悬“嘉定恢剿义师”大旗，自制各种武器，严阵以待。
二十五日，吴志葵遣游击蔡乔率兵200余名支援嘉定，扎营城外。
次日五更，遭李成栋伏兵袭击，蔡乔战死。李成栋引兵归吴淞过新泾桥时，纵火焚屋，鸡犬不留。
七月初一，各路乡兵10万余会集砖桥与清兵决战。清兵分左右两翼冲杀，乡兵大败，被追杀不计其数。李成栋部入娄塘镇后屠杀1073名，并纵兵奸淫妇女，不可名状。
初三，李成栋汇同太仓清兵攻城，日夜炮轰。
初四五更大雨滂沱，守城士民已露立三昼夜，饮食几绝，渐不能支。清兵趁机急攻，破东门涌入城内。侯峒曾仍坐镇城楼，二子急呼：“事急矣，何以为计？”侯峒曾答曰：“有死而已，所恨者枉送一城百姓耳。”急令二子离去，二子走数步又还。侯峒曾怒日；“我死国事分也，祖母在，若辈应代我奉事，恋我何为？”二子恸哭而去，至孩儿桥皆被杀。侯峒曾自沉宣家池（叶池）未死，遂被清兵杀害。 东门破，城中居民纷纷奔西门逃生，而清兵截段堵杀，居民投河死者无数。 时镇守西门的黄淳耀见大势已无可挽回，遂与弟渊耀骑马至早年读书的西林庵，对僧无等曰：“大师急避，某兄弟从此辞矣！”遂索笔疾书：“遗臣黄淳耀于弘光元年七月初四日自裁于西城僧舍。呜呼！进不能宣力皇朝，退不能洁身自隐。读书寡益，学道无成。耿耿不灭，此心而已！异日寇氛复靖，中华士庶再见天日，论其世者，当知予心。”书罢，见弟渊耀已缢梁间，遂缢其侧。 南门守将张锡眉，闻城破，偕妾投水死。身留绝命诗一首：“我生不辰，侨居兹里。路远宗亲，邈隔同气。与城存亡，死亦为义。后之君子，不我遐弃。”另有守城将领龚用圆、龚用广兄弟闻城破，拥抱恸哭曰；“我祖父清白自矢，已历三世。今日苟且图存，何面日见祖宗于地下？”语罢双双自溺而死。 辰时，李成栋入城下令鸣炮屠城。小街僻巷，无不穷搜。每遇一人，大呼献宝，献若不多，连砍三刀，物尽则杀。全城刀声砉然，嚎叫之声，动地惊天。悬梁者、投井者、断肢者、血面者，被砍未死，手足犹动者不计其数。骨肉狼籍，遍地皆是。投河自溺者不下数千人。三日后，自西门至葛隆镇，浮尸满河，行舟无处下篙。血污浮于水面，高出数分。妇女若容貌不佳者必杀，有美色者生虏，于街坊当众奸淫。若有不从，钉其手足。初六日，李成栋纠集民船300余艘，满载所掠金帛、女子、牛马猪羊驶往太仓。 嘉定被屠后，葛隆、外冈、马陆、杨行等镇乡兵复聚，再议抗清，誓不反顾，并时有偷袭斩杀清兵之义举。
二十六日五更清兵大队至葛隆，入镇后肆行屠杀，流血满地，并再屠外冈镇。
二十七日，浦峤、浦嶂率兵再屠嘉定，逢人便杀，不分老幼，所劫财物尽载太仓。
自闰六月初，嘉定人民自发起义抗清，两个月内，大小战斗十余次，民众牺牲2万余，史称“嘉定三屠”。