郑成功把台湾从荷兰人手中收回后，他和他的继承者们仍然坚持抗清。“三藩”之乱时，郑成功的儿子郑经支援“三藩”，率兵攻占了东南沿海的一些地方。而清廷方面过去二十年间对台湾的政策都是“安抚”，从1681年开始政策改为“征剿”，这是根据时局变化而做出的一次政策上的重大转变。这一年，恰逢郑经突然离世，其子郑克塽年幼，郑家内部发生了内讧。而喊了三十几年的“反清复明”口号，已经没有多少号召力，在台湾的大陆士兵，更是人心浮动，想落叶归根。
时势造英雄，这时候一个叫施琅的人站上了历史舞台。施琅原本在郑成功手下任职，后来跟郑成功在一些问题上存在分歧而越来越得不到郑成功的信任。发展到后来，郑成功杀害了施琅的父亲施大宣和弟弟施显。这样，施琅和郑成功之间的矛盾再也没有调和的可能。
杀父之仇，不共戴天。施琅对郑家恨入骨髓，决心投靠清朝。康熙元年（1662年），施琅主动降清，听说施琅主动来降，清朝方面很欢迎，马上升任他为福建水师提督。许多旧部下得知施琅投靠清朝后也追随而来。就这样，施琅由郑家的亲密战友变成了势不两立的对手。
康熙三年（1664年），施琅攻占东山岛，郑军在福建沿海的据点全部丧失。施琅上书清廷，提出进军台湾的主张，本就有统一之心的康熙接受了这个建议并任命他为靖海将军，负责统领水师训练。也许是时机尚未成熟，也许是老天有意考验，施琅前后三次出兵台湾都因为台风无功而返，这让当时一些人对施琅的能力与动机产生了怀疑。后来，反对武力统一台湾的一方占据了上风，而当时的康熙皇帝由于还没有掌握实权，不得不下令撤销福建水师，销毁全部船只，把施琅调回京城，给了他一个闲职。虽然身居闲职，感到抱负难伸，可施琅并没有忘记统一台湾这件事，他时刻关注沿海情况，总结经验教训，等待机会。
这一等就足足等了十三年。康熙二十年（1681年），“三藩”之乱平定，康熙有意抽调兵力统一台湾。在福建总督姚启圣和施琅的同乡、大学士李光地的极力举荐下，康熙重新任命施琅为福建水师提督，准备出兵。此时的施琅早已年过花甲。其实，当时大多数人还是反对出兵台湾的，但是施琅得到了康熙的大力支持。他一方面操练水师、制造军械、选择将领，一方面制定攻台方案。
终于万事俱备，只等出兵。1683年六月中旬，施琅率领大型战船三百余艘、中小战船二百三十余艘、水兵两万余人，从福建东山岛扬帆起程，进逼澎湖。施琅大军一举攻克澎湖列岛，击毁郑军大小战船近两百艘，歼灭其精锐部队一万两千余人，收降近五千人。
郑军战败，施琅采取正确的政策，灵活地处理台湾问题。施琅身边的人曾经问他：“你与郑家有血海深仇，如今郑家大势已去，为什么还不为亲人报仇雪恨呢？”施琅回道：“我带兵进攻台湾，这是国家大事，怎么能公报私仇呢？只要郑家人真心归顺，我不会伤害他们，否则会引起人们的不满，连累台湾的百姓。”从这一点上看，施琅将个人恩怨抛于脑后，一心以国家和百姓为重。终于，在和平的感召下，郑克塽投降，正式归顺清朝。台湾统一后，康熙帝很是高兴，封施琅为靖海侯，甚至脱下龙袍派人赏赐给施琅，作为嘉奖。
统一台湾后，施琅看到了台湾的重要性，坚决主张驻守台湾。他上书康熙，指出台湾事关江苏、浙江、福建、广东等地的防护重任，万万不能丢弃。而且台湾土地肥沃，物产丰富，可为东南沿海地区提供重要的物质保障。对台湾这个地方，荷兰等外国侵略者无时不想侵占，如若不守住，他们一定会卷土重来。台湾一旦再被外国侵略者侵占，那时再出兵远征，将会难于登天。
施琅对维护国家和民族利益有着不可抹杀的功绩。在福建晋江施琅纪念馆中有这样一副对联：“平台千古，复台千古；郑氏一人，施氏一人。”后人把施琅与郑成功相提并论，不管是郑成功从荷兰人手中收复台湾，还是施琅统一台湾，都维护了中华民族的利益。