明代末年，我国北方蒙古族以大漠为中心，分为三大部分。大漠以南为漠南蒙古，大漠以北称为漠北蒙古，大漠以西各部称为漠西蒙古。跟清朝关系最好的是漠南蒙古，关系很恶劣的是漠西蒙古，而今天的蒙古国就是当时的漠北蒙古。
漠西蒙古，在明末清初时又分为四大部落：杜尔伯特部、和硕特部、土尔扈特部和准噶尔部，其中实力最强的是准噶尔部。由于这些部落是游牧部落，大多逐水草而居，部落之间互不统属，为了争夺牲畜、土地、财产及统治地位，部落间常常发生矛盾，互相杀戮和征伐。清朝建立以前，他们为了得到后金政权的支持，免于为对方所统治和奴役，从16世纪起纷纷和后金政权建立联系。后来清朝建立，北方蒙古族三部分都归顺了清朝。
噶尔丹，出生于崇祯十七年（1644年），准噶尔部首领巴图尔珲台吉第六子。少年时期就到西藏去学习佛法，却没有专心在佛法上，而是喜欢舞刀弄棒。后其兄僧格在贵族内讧中被杀，远在西藏的噶尔丹马上回来夺得了准噶尔部落首领的位子。他当上首领后，野心勃勃，一心想统一蒙古族各部落，建立蒙古帝国。他先后征服了漠西蒙古各个小部落，接着向东攻击漠北蒙古。这样一来，跟清朝的战争已经不可避免。只是这时康熙皇帝正忙于对付“三藩”之乱，无暇顾及噶尔丹。
当时准噶尔部牧民所用的棉絮、棉线以及贵族用的绸缎、丝绣等物，都需要向清朝购买。而准噶尔贵族对内地所产的奢侈品十分钟爱，噶尔丹派往内地的商队越来越多。清政府面对蜂拥而至的商队，改变了对噶尔丹部的贸易政策，由原来的不限制到后来的限制人数，双方关系逐渐恶化。其实，双方关系恶化的根源还是在于噶尔丹想建立蒙古帝国，不再依附于清朝。噶尔丹明白清朝政府是他实现自己野心的主要障碍，因此决心投靠俄国，甚至拿领土作为交换。
在得到俄国撑腰后，噶尔丹大举进攻漠北蒙古。在战争的初期，噶尔丹取得了很多胜利。后来准噶尔部内部发生了分裂，这次分裂让噶尔丹失去了许多根据地和大量军队。然而由于俄国不甘心在雅克萨之战中败给清政府，转而全力支持噶尔丹，噶尔丹的势力再次增强。
清朝方面在平定“三藩”之乱、统一台湾之后，终于有精力来平定准噶尔叛乱。康熙二十九年（1690年），康熙第一次亲征噶尔丹，通过乌兰布通之战，打败噶尔丹叛军。战后，噶尔丹率领残兵败将四处逃窜，他们连住的地方都没有，为了填饱肚子，甚至掘草根来吃。经过几年的休整，噶尔丹恢复部分元气，再次东进，攻打漠北蒙古。康熙三十五年（1696年），康熙第二次亲征。双方发生昭莫多之战，噶尔丹又一次失败。经过两次战略决战，噶尔丹丧失了进攻的锐气和有生力量。从此，噶尔丹进攻漠北蒙古的计划破产。这时的噶尔丹就像一个丧家之犬，没有地方容身，只有四处流浪。
康熙三十六年（1697年），康熙第三次亲征，兵分两路西进。噶尔丹在政治上、军事上均已面临绝境，他的亲信也纷纷投降清朝。在这一年的三月，噶尔丹自尽（一说病故）。
平定准噶尔部落之后，清朝重新控制了漠北蒙古，并且给蒙古贵族加官晋爵，还在乌里雅苏台设置将军，管辖漠北蒙古。
后来，噶尔丹的侄儿策妄阿拉布坦乘西藏内乱占据拉萨。康熙五十九年（1720年），康熙帝又派兵远征西藏，驱逐了策妄阿拉布坦。以后，清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。